上页图：这幅19世纪手工上色的木版画颂扬了麦哲伦发现以其名字命名的麦哲伦海峡的伟大时刻。
1519年9月19日，星期一，圣路卡·德·巴拉梅达（Sanlúcar de Barrameda）港口热闹非凡。
船队指挥官、新组建的圣地亚哥骑士团团长斐迪南·麦哲伦正对即将环游全球的5艘帆船——“圣安东尼奥”号、“特立尼达”号、“康塞普森”号、“维多利亚”号和“圣地亚哥”号做最后的检查。它们将从塞维利亚启程，沿瓜达基维尔河直下，安达卢西亚人把它们称作“舰队”。然而，它们的指挥官是一名军人，对他来说，这5艘船就是无敌舰队——正式来说，应该是摩鹿加无敌舰队。然而这支船队破损不堪，与21年前克里斯托弗·哥伦布第三次横跨大西洋所率领的那支船队比起来相差甚远。
虽然如此，但这位船队指挥官的船队比哥伦布的船队看起来更适合航行——他一直这么有为。虽然快40岁了，可这位16世纪最伟大的航海家还是一丝不苟，甚至极其挑剔。他亲自检查每一条木板和绳子，并叫人用新的木板替换所有腐坏的木板，监督船员安装好新的横桅索和结实的亚麻帆，每张帆布上都印着西班牙的守护神圣詹姆斯的十字架。这5艘船都需要小心驾驶。这些小船——最大的是“圣安东尼奥”号，排水量却只有120吨——实际上是三桅、横帆混杂组装在一起的商船，由14世纪的独木船与阿拉伯独桅帆船改装而成，稍不留心，它们就会被撞散架。因此，人们从船首到船尾都反复进行检查，并修补所有的问题。现在，这位头发灰白的指挥官正在耐心地检查航行两年所需的食物储备——当然他从未想过这次航行会耗时3年，而他自己也会有去无回。
斐迪南·麦哲伦（约1480～ 1521）是地圆说的信奉者，他最早向葡萄牙提出了环球航行计划，在没有得到支持后，转而寻求西班牙国王的支持。
麦哲伦长相并不出众。他出生于葡萄牙的一个没落贵族家庭，但体格却像一个农民——个子矮小、皮肤黑黝、体型偏胖。他皮肤粗糙，胡子又黑又密，眼神中流露出悲伤和冷血。在他很小的时候，他的鼻梁在一场斗殴中骨折。在摩洛哥的一场战争中，他被长矛刺伤，留下了伤疤，从此走路时明显地一瘸一拐。尽管他当时很鲁莽（在生命的最后几小时再次有相同的表现），但大多数时候还是很少冲动。相反，他沉默寡言，喜欢独处，活在自己的世界中，能够很好地克制自己。作为指挥官，他可能是残酷的，用与他同行的另一位船长的话来说就是，“严厉、冷酷、无情”。尽管他手下的头目们不喜欢他，但也很佩服他的能力、果断和赏罚分明——这在当时的指挥官中是很罕见的。正因如此，他在船员中倍受欢迎。
这位船队指挥官对自己的出身充满骄傲，而且他做事一丝不苟、雄心勃勃、坚忍不拔、深藏不露、意志坚强。他还拥有自己的梦想，但从未向人透露。这个隐藏的梦想在当时的人看来是不可思议的。他充满想象力，身怀梦想，在那样一个恶棍和暴君横行的时代，他信仰英雄主义。在16世纪，浪漫主义并不流行，但也并未完工全消亡。年轻的麦哲伦当然听说过埃尔·熙德（El Cid），这位11世纪英雄的故事在中世纪的多首民谣中传唱着。他也痴迷于亚瑟王的故事，即使他没有看过马洛礼的《亚瑟王之死》，但也知道了 卡米洛特 注81 的存在。中世纪的骑士故事一直流传了几个世纪，代代相传。亚瑟王本身是个天才，虽然他是一个模糊的历史人物，但这位英格兰强大的战争之神连续赢得了12场残酷战役，打败了来自日耳曼的撒克逊侵略者，最后于539年在卡姆兰（Camlann）的战役中遇害。兰斯洛特·杜·拉克（Lancelot du Lac）骑士的故事也许并不真实，但是在1170年经过法国行吟诗人克里蒂安·德·特鲁瓦（Chrétien de Troyes）的艺术加工后，极大地引起了孩子们的兴趣，这其中就包括年少的麦哲伦。德·特鲁瓦的另一部名著是《圣杯的故事》（Perceval），这本书首次描述了圣杯的传说。1203年，德国诗人沃尔弗兰·冯·艾森巴（Wolfram von Eschenbach）在《帕西发尔》（Parzival）中再次讲述了这个故事。他们的作品被翻译成葡萄牙语等多种欧洲语言。1210年，哥特弗里德·冯·斯特拉斯堡（Gottfride von Strassbury）在完成《托里斯坦和伊索尔德》（Tristan and Isolde）之后离世。1225年，法国诗人纪尧姆·德·洛利斯（Guillaume de Lorris）根据奥维德的《爱的艺术》创作了《玫瑰传奇》（Roman de la Rose）的第一部分，这部诗歌韵律优美，充满浪漫色彩。一个世纪后，乔叟将它翻译成了英文。大约在1370年，一部关于亚瑟王外甥的传奇史诗《高文爵士和绿衣骑士》（Sir Gawain and the Green Knight）在英格兰问世。
好奇心强烈的麦哲伦，发现现实原来也是如此迷人，于是疯狂地阅读约翰·普兰诺·加宾尼（Giovanni da Pian del Carpini）和马可·波罗的作品。前者于1245年向东出使到中亚的哈拉和林（Karakorum）；后者游历东方，于1296在狱中口述了在中国的经历。更重要的是，这5艘船的指挥官均受到了哥伦布和其探险者事迹的鼓舞。其他欧洲人也梦想着追寻他们的足迹，但麦哲伦与他们不同的是他有坚定不移的决心，这让他成了英雄。伊拉斯谟和他的同行们当然是令人敬仰的，但他们都是作者和空谈者。而麦哲伦坚信，行动才是至高无上的。他同意乔治·梅瑞狄斯（George Meredith）的观点——“要想获得权势，就必须采取实际行动，这是生活的残酷法则。”在为获得这种权势而奋斗的过程中，他最宝贵的财富就是他的意志。他可以忍受失落和沮丧，但永远接受不了失败。
身穿鞑靼人服装的马可·波罗
然而，到目前为止，他的事业还只停留在口头承诺上。尽管渴求别人的认可，但他为人过于正直——丝毫谈不上老练、圆滑——这让他失去了能给予他荣誉的达官显贵的支持。例如，在里斯本，他蔑视宫廷中那些穿着丝绸的谄媚之徒，结果，灾难就降临了。在国王身边那些文质彬彬、阿谀奉承的侍臣眼里，他就如同一个愚蠢的农民。在洗刷了一个冤假的盗窃罪名之后，他要求觐见葡萄牙国王曼努埃尔一世，为自己的航海冒险谋求王室支持。当时葡萄牙和西班牙都对香料群岛垂涎三尺。麦哲伦请求国王帮助他到那里宣示葡萄牙主权。然而，他没有把握好这次觐见机会。曼努埃尔一世是一个爱慕虚荣的人，他希望臣民能时刻奉承自己，而麦哲伦不顾宫廷礼仪，直接提出了要求。国王被他的这种鲁莽行为激怒了，于是罢免了他的官职，拒绝了他的要求，其余的侍臣则在旁边幸灾乐祸。这位国王甚至告诉他不再需要他的效忠了——他可以带着自己的方案到其他地方去。麦哲伦一心想着实现自己的梦想，于是找到了18岁的西班牙国王卡洛斯一世，也就是后来的神圣罗马帝国皇帝查理五世。1518年3月22日，卡洛斯一世以自己和患有精神病的母亲乔安娜（Johanna）的名义签署了《国王》（Yo el Rey）协定，承诺赞助这位船队指挥官航行的所有物资，任命他为所有在航海过程中新发现的陆地的最高长官。
最早的香料群岛地图，指引一批欧洲人开始了航海冒险。
现在，麦哲伦从一艘船到另一艘船，首先清点这265名船员的储备物资——大量的大米、豆类、面粉、大蒜、洋葱、葡萄干、葡萄酒（大约700桶）、鲲鱼（200桶）、蜂蜜（5402磅）、腌猪肉（将近3吨），还有成千上万张渔网、鱼叉、鱼钩，以及航海所用的天体观测仪、沙漏以及指南针，铁制和石制的炮弹，大量的长矛、尖钉、盾牌、头盔和护胸甲，这些装备是为了应对在靠岸时可能遇到的危险。另外，还有40车木材、沥青、柏油、蜂蜡、麻絮和船索等，这些在船只损坏时能派上用场；还有镜子、钟表、剪刀、手镯、多彩手帕和彩色透明玻璃器皿，这些是送给东方朋友的礼物……总之物品清单数不胜数，不过这位指挥官还是饶有兴致地一一清点它们。
在罗马，米开朗基罗在完成《摩西》和西斯廷教堂穹顶壁画后，正在为他的偶像但丁写一首十四行诗。塞巴斯蒂安·德·皮翁博（Sebastiano del Piombo）的《克里斯托弗·哥伦布》上的颜料还未风干，提香刚创作完《圣母升天图》，拉斐尔刚完成利奥十世和他的枢机团的肖像，丢勒则画完了银行家、教皇和国王的好友雅各布·富格尔的微型画像。还有的人则刚刚过世不久：67岁的列奥纳多·达·芬奇死于法国安博瓦兹附近的一座城堡；60岁的马克西米利安一世病逝于维纳·诺伊斯塔特（Wiener Neustadt）；赎罪券兜售者、54岁的约翰·特泽尔在莱比锡去世；还有年轻貌美、39岁就在意大利北部去世的卢克莉齐娅·博尔吉亚。卢克莉齐娅在最后几年虔诚信教，并且对儿子乔瓦尼教育有方。乔瓦尼是教皇亚历山大六世的儿子，也是他的孙子。
雅各布·富格尔那时还在世，虽已经时日不多了，但仍在拼命挣钱。据估计，他的财富高达2032652金币。在英格兰，大法官沃尔西刚搬进汉普顿皇宫。当时在欧洲受欢迎的几部文学作品包括莫尔的《乌托邦》、亚历山大·巴克利（Alexander Barclay）的《田园诗》（The Shyp of Folys of the Worlde）以及马基雅维利的《君主论》。伊拉斯谟此时正陶醉于他第三本著作《对话集》的成功中。在他的激励下，讽刺和道德戏剧在剧院中很受欢迎，尤其是彼得·多兰德·范·戴斯特的《凡夫俗子》，约翰·斯凯尔顿的《富丽堂皇》（Magnificence），以及吉尔·维森特（Gil Vicnte）的《奥特·达·格诺丽娅》（Auto da Glória）。
而当时读者最少的作品是哥白尼的《小注解》和博尔吉亚教皇为葡萄牙和西班牙划分势力范围发布的通谕。西班牙和法国正在摩拳擦掌，准备为争夺意大利北部地区进行战争。所有国王都忽视了一场影响更为深远的冲突——宗教改革，尽管此时距离路德在维滕贝格教堂大门张贴《九十五条论纲》已经过去两年了。现在，他正在起草《致德意志基督教贵族公开书》，号召德意志贵族全面起来反对罗马教廷。
麦哲伦对这些了解多少，永远不得而知。也许很少。他对政治一直不怎么感兴趣，即使感兴趣，他也不可能去密切关注。例如，当路德在沃姆斯捍卫自己的立场时，他已经航行在了人迹罕至的大海上。因此，他直到临死都不知道基督教世界正在发生的分裂，尽管这对于包括他在内的所有天主教徒来说都是一场巨大的灾难，而他随时愿意为捍卫自己的宗教而献出生命。至于在欧洲同时发生的其他所有混乱似乎都跟他无关。然而他错了。所有这些事件都交织成了一幅“巨画”，他的探险只是其中的一个小局部。历史不会任由无关事件杂乱组合在一起，每件事都是相互影响的，这在现代尤其如此。只有时间能把所有事情整理分类。这时候，轮廓开始出现。
就在麦哲伦为自己的环球之旅做准备的同时，文艺复兴时期的艺术家、思想家并未停下创造的脚步。这幅画——一个男人的肖像——由威尼斯著名画家塞巴斯蒂亚诺·德·皮翁博创作于1519年，人们普遍认为，画中的主人公便是克里斯托弗·哥伦布，正是他在1492～1504年间的探险之旅鼓舞了麦哲伦。
现在，麦哲伦所生活的时代的轮廓越来越清晰了，最显著的事情就是中世纪——文艺复兴时期的人文主义者对那个时代的称呼——的解体。它的瓦解是无数历史事件和影响综合产生的结果，同时也触发了自野蛮人征服罗马之后欧洲的最大动乱。宗教改革——摧毁了文艺复兴——是人类历史长河中最受人瞩目的事件。其他重大事件还包括1453年君士坦丁堡被穆罕默德二世攻陷，以及人文主义者在古代文明价值中对知识的发现，由此也注定了经院哲学的失败，因为它将异教徒知识与基督教教义糅合在了一起。随着教会放弃对教育的垄断，重生的欧洲开始意识到理性和信仰之间有一道不可逾越的鸿沟。普通大众依旧虔诚，但具有最新思想的人已经在理性的思考中找到了宁静。
与此同时，商业的发展，尤其是英格兰和德国的经济繁荣，让中产阶级和商人阶级不断壮大。而且随着其权力与影响力不断增强，这两个阶级开始对狂妄自大的教长们越来越不满；与此同时，教皇的权威也开始受到崛起的民族国家和国王的挑战。印刷术的发明、文学的繁荣以及通俗版《圣经》的广泛阅读，刺激了世俗主义的传播。所有这些都引发了质疑，败坏了社会风俗，滋生了怀疑，降低了道德标准，吞噬了传统给人们带来的安慰与支持。统一的基督教世界逐渐分裂为不同的文明体，现代欧洲就此诞生。
这一切都意味着改变，并引起了中世纪思想顽固分子的不安。当时在所有学科中，进展最缓慢的可能是地理学。由于《圣经》在人们心目中的神圣性，因而《圣经》中的描述很少受到质疑。意大利改革家彼得·马泰尔·菲密格理（Pietro Martire Vermigli）说：“如果《创世记》中关于上帝创造世界的描述有误的话，那么基督教的所有承诺都将荡然无存，我们的宗教生活也将失去意义。”
哥白尼带来的威胁则更加大。《圣经》说，万物都是为人创造的。如果地球萎缩成宇宙中的一个小点，那么人类也会灭绝。当“升天堂”和“下地狱”失去意义时，天堂也就不复存在了——因为“天堂”和“地狱”每隔24小时就会轮换一次。1575年，历史学家、史普编撰和整理者杰姆·沃尔夫（Jerome Wolf）在给丹麦天文学家、史星学家第古·布拉赫（Tycho Brahe）的信中写道：“宇宙的浩瀚无边和深不可测是对基督教的最大威胁。”
最后，人们对欧洲以外陆地的探索——麦哲伦的远航是最高潮——打开了整个世界，标志着现代史的到来。地理大发现还摧毁了教皇的教义对世界的描述，对教皇的威望产生了新威胁。罗马有一个古老论点，即教会所说的都是对的，因为所有人都相信基督教的神圣性。在中世纪，这个说法看似合理，但是现在，随着航海员、旅行者、征服者，甚至传教士所带来更多的信息，欧洲人意识到，在新发现的大陆上还有其他宗教，这些信仰异教神的人并没有因此而生活困难。
在中世纪，《圣经》字面上的阐释迫使教会承认了《基督教世界风土志》（Topographia Christiana）中荒唐可笑的地理描述，这本书的作者是6世纪的修道士科斯马斯（Cosmas）。他去过印度，按理说应该对地理了解得更加深刻，但他坚信世界是个长方形的平面，周围是天空，天堂就在天空之上。耶稣在这个平地的中间，附近是被四条天河浇灌的伊甸园。太阳比地球小很多，围绕着朝北的一个圆锥形山脉旋转。他的观点很脆弱，因此并不是所有的人都认可——有一些人，例如中世纪历史学家圣比德（Venerable Bede）就认为地球是圆的——但科斯马斯不以为然。罗马教廷也赞同他的观点，因此将其他反对观点均视为对常识的侮辱。
从这样一个最基本的事实我们不难看出，古代文明的智慧被埋藏得有多深。在耶稣诞生300多年前，亚里士多德就认为地球是一个球体。在一次月食之后，他发现只有球状物才会在月亮上投下环形的影子。雅典人也知道印度和西班牙的存在。然而，亚里士多德没有找到能够证明自己观点的地理和科学事实，这让他犯了一个重大失误。他认为陆地比水更重，而地球要保持平衡，所以他推断，伊比利亚半岛和印度次大陆之间的距离并不遥远，并且进一步推断出它们之间没有大陆，也就是说，没有北美洲和南美洲。这也是哥伦布犯错的根源，其他人对此仅仅只是质疑，而麦哲伦则最终推翻了这一观点。
亚里士多德的球体论成了古典地理学的基础。希腊人直接把地球分为了五个区域，其中两个是极地，过于寒冷，没有人居住；另外两个是温带，最后一个是赤道区域。中世纪的德国哲学家艾尔伯图斯·麦格努斯（Albertus Magnus）和英格兰思想家、科学家罗吉尔·培根（Roger Bacon）继承了这些观点，并且得出一个结论：赤道地区温度过高，生物不可能在这里存活。因此，他们认为人类不可能在热带地区生存。直到15世纪，大部分人都认为这个说法是正确的。
科斯马斯所描绘的世界模型：地球是一座高高的山，耸立在一个平面之上……
除了作出过一些贡献的罗马博物学家普林尼，拉丁语法学家、哲学家马克罗比乌斯（Macrobius）和古罗马将军、国务活动家阿古力巴（Agrippa），罗马人在地理学方面几乎未取得任何其他成就。然而，在罗马帝国边境城市亚历山大港，一所由古希腊天文学家托勒密和希帕克斯（Hipparchus）创立的埃及天文学学校已经在亚里士多德之后发展壮大了400年。他们计算出的地球周长（2.5万地理英里，即46300千米）相当精确。他们还把地球分割成360度，用平行线表示地球表面的纬线，用子午线表示经线。 他们用新发明的天体观测仪以“对准太阳”的方式来测量纬度，为包括麦哲伦在内的伊丽莎白时代的航海人员提供了航海工具。
然而，与希腊人一样，亚历山大港的人们也犯了一个错误。他们认为地球是静止的，而且是宇宙的中心。另外，托勒密的《地理学指南》（Guide to Geography）对中世纪地理学家影响深远，它认为亚洲的范围要比人们认为的更靠东。受这种错误理论引导的包括哥伦布本人，他坚信一直向西航行就能到达亚洲。他所有的疑虑都被《世界地图》（Imago Mundi）一书打消，该书由14世纪的红衣主教、纳瓦拉大学校长皮埃尔·德·艾利（Pierre d’Ailly）所编。艾利赞同亚里士多德的观点，即一直向西航行就能到达印度。《世界地图》成为哥伦布最爱的书，他的手抄本至今仍保存在塞利维亚的哥伦比亚藏书室，书页边沿还有他潦草的笔记。
在漫长的中世纪之夜，古希腊和古埃及的文明被中东的穆斯林学者保留了下来，这些知识后来被文艺复兴的人文主义者继承。在认真研读了这些学问后，红衣主教博尔吉亚的宿敌庇护二世写了一部著作《历史新地理》（Historia rerum ubique gestarum）。虽然大多数都照搬了托勒密的观点，但这本书并非一无是处。尽管是早期作品，但庇护二世得出了一个惊人的结论：人们可以环绕非洲航行。他推测存在一条赤道，尽管看不见，但这个猜测并未受到人们质疑；现在，除了对《圣经》深信不疑的人，人们都接受了地球是一个球体以及希腊人划分的气候带的观点。
学者们也接受了这一观点。然而普通人依旧认为地球是平的，他们对于天空的了解大多来源于神话传说。这些传说来源多样，有些故事来源于荷马，另外一些来自旅行者讲述的浪漫故事；或者来自于亚历山大大帝和圣托马斯的传说；或者是公元前4世纪为波斯国王效劳的希腊人、历史学家克特西亚斯（Ctesias）的虚构；或者来自于罗马人普林尼和加伊乌斯·朱利叶斯·索利努斯（Gaius Julius Solinus）的捏造；或者来自于14世纪的一本非常流行的书《约翰·曼德维尔爵士的旅行》（Voyage and Travels of Sir John Mandeville，Knight）。据说，这本写成于英格兰诺曼时期的书记录的都是真实事件，由曼德维尔讲述。尽管事实上所有的故事都是虚构的，然而，由于这些故事太具信服力，人们认为曼德维尔爵士（或者曼德维尔骑士）所描述的事件是真的，而马可·波罗描述的真实故事反倒不像是真的。
这是1493年德国出版的《纽伦堡编年史》一书中的插图。在这张地图中，画有许多奇异的人物，中世纪时的很多人都相信，这些奇异的人就住在人类尚未探索的未知边疆里。
大多数中世纪的神话都是以亚洲为背景，这更加引起了人们的好奇。直到13世纪中期的鞑靼和平时期，欧洲人也从未去过巴格达以东。圣战和朝圣加深了欧洲人对巴勒斯坦和叙利亚的了解，但是他们认为东方——中国——充满着巨大魔力和吸引力，还有不计其数的财富。据说天堂就在中国的某个地方，充满了神秘感。自从1221年成吉思汗的威名第一次传到欧洲，欧洲人就认为他是一位伟大的基督徒国王，并把自己的一生都奉献给了感化异教徒上面。
因此，这些轻信别人的欧洲人相信了巨人 哥革和玛各 注82 的故事，长牙和全身长满毛发的森林民族的故事，半狮半鹫怪兽格里芬的故事，鹳和矮人族争斗的故事，人躺在地上用一只巨大的脚挡住太阳来制造自己影子的故事，狗头人身的人整夜嘶吼和吠叫的故事，以及 俄斐 注83 宝藏的故事——据说所罗门王曾将大量的珠宝和黄金埋藏在俄斐，俄斐因此成为众多传说中的藏宝地之一。另外一个是已经消失的亚特兰蒂斯大陆，它来自于柏拉图的一个传说。还有理想中心黄金之国（EL Dorado）；黄金之河；姆诺姆塔帕帝国（the Empire of Monomotapa）；西波拉七城之岛（the Island of the Seven Cities of Cibola），据说是由逃避摩尔人迫害的7位主教在大西洋发现的；还有圣布兰丹岛（St. Brendan’s lsle），来源于貌似合理的圣布兰丹传说，据说这是他在爱尔兰西北海域发现的一个神奇岛屿。在麦哲伦的时代，这些岛屿大多数都可以在地图中找到。葡萄牙的王子、航海家亨利曾遇上一个自称已经登上了七城之岛的船长。直到1755年，人们才发现圣布兰丹岛位于西经5度的加纳利群岛；直到1873年，虚构的巴西礁堡才从英国海航图上删除。
这些都是经典的子虚乌有的故事，它们迷惑和误导了探险家们进入未知的海域。由于这些地图的误导，很多船只有去无回。但令人惊讶的是，他们还是取得了一些“发现”：非洲和印度相邻；印度洋和红海被认为是片狭窄水域；埃及和埃塞俄比亚被放在亚洲里。航海家仔细观察着地图，发现一些令人困惑的图例及问题，如“印度埃塞俄比亚”“印度埃及”；以及14世纪出现的卡塔兰地图（Catalan Atlas），现在保存于巴黎国家图书馆，实际上都是歪曲事实的捏造，包括格里芬群岛、哥革和玛各王国，位于印度和中国之间的小人国，一个名叫“伊安娜”（Iana）的小岛（有可能是现在的马来西亚），以及被宽阔海洋包围的“塔拉帕博纳”（Trapabona）岛屿……
虽然欧洲的其他国家并没有意识到这些未知地区，但一些居住在西部和北部边界的人从中世纪开始就一直在探险未知世界。16世纪初，爱尔兰人来到奥克尼群岛、设得兰群岛和法罗群岛，并在这里定居。毫无疑问，他们到达的地方远远不止这些，因为9世纪维京海盗占领冰岛时他们就已经在那里了。之后，挪威人接管了这里。10世纪末，在经历了1000英里的航行，通过世界上最危险的几片海域之后，挪威的红发恩里克（Erick the Red）终于到达了格陵兰岛。大约在1000年，恩里克的儿子利夫（Leif）到达了北美洲。这些成就仅仅是欧洲扩张的前奏，但不是第一阶段。实际上，爱尔兰岛并未被发现，对于斯堪的纳维亚半岛南部的人来说，维京海盗是异教徒、劫掠者，爱尔兰岛几乎和东方一样遥远，甚至不属于文明世界。另外，古代挪威人和凯尔特人也未被关注，因为他们几乎不在探索者的名单之上，对其他大陆的影响也微乎其微。
中东的情况则恰好相反。当大多数的欧洲人对真正的亚洲几乎一无所知的时候，有一些人已经在中东附近辛勤工作了300年。他们是举足轻重的商人，他们来这里探索的最初动力不是好奇心，而是利润。他们中有热那亚人、威尼斯人，还有小部分的比萨人。这些人在这里取得了巨大成功，极大地促进了意大利的经济繁荣。他们随后的衰落——在勇敢的西班牙人和葡萄牙人开辟了一条到达东方的新路径后——对意大利的繁荣造成了致命打击。接下来的经济大滑坡导致了文艺复兴以及反对罗马教会的宗教改革的结束。
从十字军东征（1096～1296）开始以后，东西方贸易主要有三条通道。一条横跨大陆，沿着数条商路经过中国北部和亚洲中部到达黑海岸；另外两条通过印度洋到达中东。货物由阿拉伯半岛南部运出，途经也门，穿过红海，再由陆路抵达亚历山大港和加沙港；或者选择另一条线路——这条线路一般用来运输利润可观的香料——从波斯湾出发，再转乘马车到达地中海东部。在每条路的终点，都有另外的商人接应他们，将这些商品运往意大利、法国南部和伊比利亚半岛，最后再用马车把大批的商品运往欧洲北部。
这种高回报的贸易在意大利人之间的竞争异常激烈。即使五艘帆船只有一艘安全返回，也能为贸易商带来丰厚的利润；一麻袋胡椒、肉桂、生姜或肉豆蔻就能让一名水手下半生衣食无忧了；经过阿拉伯半岛运转的货物包括龙涎香、麝香、玫瑰精油、丝绸、花缎、黄金、印度钻石、锡兰宝石以及能够引发人幻觉的鸦片。精明的商人千方百计地打通了航行的各个环节。在中东的战争中，他们站好队，因为他们知道只有胜利的一方才能给他们回报。在拉丁人占领君士坦丁堡的57年时间里，威尼斯人获得了贸易特权，然而随着1261年君士坦丁堡落入迈克尔·帕里奥洛加斯（Michael Palaeologus）——即后来的拜占庭帝国皇帝迈克尔八世（Michael Ⅷ）——领导的希腊军队手中，威尼斯人失去了这种特权。随后兴起的热那亚人通过加强与帕里奥洛加斯的联系，取代了威尼斯人的位置。他们以君士坦丁堡为跳板，将贸易触角延伸到波斯、克里米亚，甚至远到黑海和里海。他们是如此善于心计、精力充沛，以至于他们在中亚的贸易并没有因为蒙古帝国的兴亡而中断。在非洲，他们沿着尼罗河最远到达了苏丹北部的栋古拉（Dongola），或者从突尼斯穿过撒哈拉沙漠，进入尼日利亚盆地。与此同时，威尼斯人垄断了埃及的外贸。他们的货物从南亚出发，途经摩鹿加群岛、马来西亚、印度马拉巴尔海岸。然后，15世纪，一些威尼斯人，例如尼科洛·达·康提（Niccolò de’ Conti）尼克科咯·德孔蒂和约翰·卡波特［John Cabot，他的原名叫乔瓦尼·卡波特（Giovanni Caboto）］，开始直接从西方进入东方。
这个时候大西洋开始发出召唤。传统的贸易路线要绕过很多弯路，印度香料要经过12道交易才能到达消费者手上。距离中东越远，商人所面临的障碍就越大。从这点来说，西班牙和葡萄牙的地理位置最为不利，但意大利也有很多不利因素。于是人们开始探索一条更加直接的贸易通道。1291年，热那亚船队成为第一批经直布罗陀海峡，绕过伊比利亚港口，并由英吉利海峡进入荷兰的船只。葡萄牙人和西班牙人如果想从海外贸易中大赚一笔，就必须找到一条通往亚洲的新途径。这是一个严峻的挑战，而且拒绝任何懦夫。同年，直布罗陀海峡实现了人类历史上的首航。热那亚两兄弟、乌戈里诺·维瓦尔多（Vgolino Viualdo）和吉多·维瓦尔多（Guido Vivaldo），发誓要由非洲最南端抵达印度。他们无所畏惧地从这个海峡出发，朝南前进，之后就再也没有听到过他们的消息。直到一个世纪之后好望角之谜才解开，从此，意大利失去了航海事业的领先地位。
乔叟，英国文学之父，被公认为中世纪最伟大的英国诗人。他曾经为十岁的儿子完成了关于星盘的著述。
在这一地理探险时期，一位16世纪的英格兰人发挥了特别的作用。他就是杰弗里·乔叟。跟所有作家一样，为了偿还债务，他也经常做一些其他工作。1368年，他成为王室的侍从，之后，被任命为王室建筑工程主管。他在王室中有一个仰慕者菲利帕（Philippa），她是冈特的约翰之女、英格兰国王爱德华三世的孙女。乔叟的业余爱好是研究航海。他谦虚地把自己称为“占星家成果的愚昧无知的编纂者”。事实上，他的《占星术集》（Treatise on the Astrolabe）中的很多内容都是从8世纪阿拉伯天文学家梅撒哈拉（Messahala）的作品中翻译改编过来的。然而，乔叟是一个热心人，他的热情具有传染力。年轻的菲利帕就被这种热情所感染了。乔叟对航海的研究引起了她的好奇心，在成为葡萄牙王后之后，她把这些教给了儿子亨利。在长大成人后，亨利也对航海充满热情，并致力于去实现目标。在历史上，人们称他为航海王子亨利（Prince Henry the Navigator，1394～1460）。虽然这位王子航海的次数并不多，但他支持探索发现未知世界的航行，鼓励海上贸易，建成了著名的葡萄牙帆船。为了遏制和包围伊斯兰势力，他制定了一个伟大的战略：首先与非洲的南撒哈拉建立联系，再与东方取得联系。伊斯兰世界经受住了这一挑战，但是那些受亨利王子鼓舞的航海家们也建立了一个海外葡萄牙帝国，之后，它成为世界上地域最广阔的帝国，在长达150年的时间里控制了欧洲与印度和东印度群岛之间的贸易。
这是位于葡萄牙首都里斯本的一尊雕像的局部，立于船头的就是航海王子亨利。葡萄牙能在16世纪的大航海时代成为海上强国，亨利王子功不可没。
现在回想起来，他们几乎取得了奇迹般的成就，但尽管乔叟和亨利王子等人做了很多努力，但航海依然是一门很不精确的科学。据说，王子改进了航海工具，我们好奇的是这些航海工具的本来面目。可以肯定的是，纬度可以借助于一些天体观测仪来测量，主要有英格兰的直角器、十字测天仪或者麦哲伦所用的反向高度观测仪。同埃及人最先使用的工具一样，它们都是很原始的象限仪，仅能用于测量太阳和地平线之间的角度。在陆地上，最优秀的天文学家可以根据学过的知识大致计算出经度——如果他们在陆地的话。但是在海上，没人能够确定自己船只的经度。要确定经度，必须掌握星宿位置，而这要求知道准确时间——这是不可能的，因为直到下个世纪的中叶，装有平衡的齿轮和游丝的精确钟表才被发明。当然，每位船长都有一个罗盘，能推算出船位，然而，他们还没有掌握地理北极和地磁北极的区别，也没有认识到船位推算法会受到水流影响而出现严重误差。
在12世纪地理学家伊德里希（al-Idrisi）的时代，阿拉伯人教会了西西里人如何航海，西西里人也把这些方法传授给了意大利的热那亚人，之后意大利人又教会了西班牙人和葡萄牙人。尽管地中海沿岸已经被标记在了地图上，但很少有船只驶出地中海。而即使地图海岸线上被标记出的地方，也很少标明水深。由于缺乏大量的信息以及大量错误的信息，对于那些敢于探险未知海域的水手来说，经验就显得尤为重要了。
在航行中，水手们仔细记录着每次探险的过程。当他们的希望最后成为现实——到达了陌生陆地，并安全返航时——这些航海日志或者航海图就变成了无价之宝。它们叙述着整个旅程从开始到结束的每个细节，具体信息包括潮水、礁石、海峡、港口和岬角之间的磁罗方位、风力和风向，船只按某一航行方向航行的天数，什么时候维修船只，在哪里找到了淡水，水深和水流速度。他们记录的每件事情，甚至是海水颜色的变化，都可能会对下一位想要到达同一地方的水手提供有利的帮助。
航线图都是手抄的，并且在严格监督下翻译完成，但是那些开辟新贸易通道的航线图却从未被印刷过。因为它们太珍贵了，有些早已售罄；有些成为国家机密，一旦有人泄露，就是死罪，因为如果被竞争对手的船长拿到了，他就能够利用对方花费巨大的代价得来的信息。一旦一条航道被发现了，那么航行危险程度就能大幅降低，但是最早一批探索者所经历的危险再怎么被夸大也不过分。
值得注意的是，这些人几乎都来自欧洲一角。在这之前，葡萄牙和西班牙对西方文明几乎没作出什么贡献。500年间，它们只涌现过几个著名的艺术家，除此之外，它们就没什么其他值得一提的成就了。然而现在，无疑是伊比利亚半岛的时代。在短短的30年间，几百艘船从里斯本、帕洛斯（Palos）和圣路卡（Sanlúar）起航，它们发现的陆地比一千年以来所有人发现的还要多。
初期的试探性航行往往十分谨慎，甚至犹豫不决，因此并没有获得多大成果。截止1460年亨利王子去世，葡萄牙航海家仅获得了6次普通的地理发现：葡萄牙海岸附近的3个小群岛——亚速尔群岛、马德拉群岛和加那利群岛；在非洲北部，发现了肥沃的佛得角、塞内加尔河以及休达港口。直到亨利王子去世11年后，若昂·德·圣塔伦（João de Santarém）才成为第一个穿过赤道并成功返航的欧洲人。又过了11年，迪奥哥·康（Diogo Cão）发现了刚果河河口。最终在1488年，即王子第一次航行半个世纪后，巴托洛梅乌·迪亚士（Bartolomeu Dias）取得了一次重要的地理发现。在遭遇了一场巨大的暴风雨之后，他们的船队绕过了非洲大陆的最南端海角。虽然焦虑不安，但他坚持一直向前航行，因为他坚信前面就是印度，但是船员们都已经筋疲力尽，最终不得不返航。约翰二世为庆祝他的返航，将这个海角命名为“好望角”（Cap of Good Hope）。然而，让迪亚士失望的是，他的同胞对他的航线图漠不关心，而该路线能直接通往印度的水路，从而可以绕过经销香料、香水、丝绸、药品、黄金和宝石的中东商人。
迪亚士被认为是第一个绕过非洲好望角的欧洲人。这尊雕像位于英国伦敦的特拉法尔加广场。
6年后，主动权回到了西班牙人手里，此时卡斯蒂利亚人已经摧毁了摩尔人的最后据点，正准备迎接新的挑战。由于阿拉伯商人已经到过亚洲各个地区，欧洲人对这个大陆海岸线有了一个大概了解：印度、中国、日本、东印度群岛。佛罗伦萨学者保罗·托斯卡内利（Paolo Toscanelli）发现东方就在里斯本以西的3000海里，这增强了意大利航海家克里斯托弗·哥伦布的信心。他为探险筹集了共50万金币，还说服了西班牙的王室财务主管路易斯·德·圣坦杰尔（Louis de Santangel），后者说服国王投资了100万金币以资助哥伦布穿越大西洋到达东方的航行。
这是一幅由佛罗伦萨宇宙学家保罗·托斯卡内利绘制的热那亚世界地图（Genoese World Map ）。由于当时的地图制作者还不知道南北美洲的存在，所以他们认为，东方位于里斯本以西只有3000海里距离的地方，但实际上中国疆域的宽度都不止这个数字。
这位热那亚人出发了，依靠船位推算导航开始了他的传奇航行，他大声地对自己的水手们说：“前进！前进！”1493年初哥伦布返回欧洲，并宣布自己取得了巨大成就，这震惊了整个基督教世界。在巴塞罗那，斐迪南国王和伊莎贝拉王后隆重地接待了他，授予他印度群岛总督和海军上将的头衔，希望他能够组织更多的探索东方的航行。实际上，哥伦布没有成功。他发现的不是亚洲，而是圣萨尔瓦多的巴哈马群岛。然而，他不愿放弃发现中国的宣言，尽管他三次回到新发现的陆地，他也没有改变想法。他把所遇见到的当地居民称为印第安人，从此，人们也把加勒比群岛称为西印度群岛。1496年，他没能绕古巴航行，他的船长说他们受到恶劣天气的阻挠，但哥伦布拒绝这个解释。他说，真正的原因是他们处于了一个东方的半岛外，很可能是马来亚半岛。
哥伦布并不是第一个到达美洲的欧洲探险家，但哥伦布的航海带来了第一次欧洲与美洲持续性接触。图为哥伦布返航后受到西班牙王室的隆重接待。
人们继续相信他所说的。1495年国王曼努埃尔一世在里斯本加冕，他认为西班牙抢在了他的前面。出于嫉妒以及巴托洛梅乌·迪亚士的请求，他给了瓦斯科·达·伽马4条船，让他率领船队经由好望角到达印度。在当时，尽管达·伽马也算个典型的航海家，但声名狼藉。他健壮、粗暴、残酷，满怀斗志，试图通过恐吓当地原住民达到征服新发现世界的目的。有一次，他故意在一条阿拉伯船上放火，烧死了300人，其中包括妇女和儿童。然而国王依旧授予了他海军上将的头衔，因为葡萄牙的崛起很大程度上要归功于他。1497年9月22日，他绕过了迪亚士所发现的好望角。在一幅阿拉伯航海地图和一名阿拉伯领航员的帮助下，船队继续前进，首先到达了非洲东海岸的莫桑比克和肯尼亚，然后经过23天的航行穿越印度洋，到达了印度西南岸的卡利卡特港（Calicut）。
1498年5月20日，达·伽马的船队抵达印度南部最著名的商业中心卡利卡特港。自此，经过近百年的探险、屠杀和抢掠，葡萄牙横跨半个地球的东方殖民帝国终于建立了起来。
葡萄牙人终于找到了一条通往印度的新通道，之前人们都是经过意大利从埃及、阿拉伯半岛和波斯出发，需要缴纳巨额的装运费和通行费。一个多世纪以来，由此所引发的商业革命带来的巨大经济效益比哥伦布和其他人发现的新大陆更加辉煌。当西班牙航海员还在被加勒比“印度群岛”所困扰时，新贸易所带来的利润正逐渐填充着里斯本的金库。事实上，直到16世纪初，葡萄牙人几乎没有想到可能会来到大西洋的边远之处，曼努埃尔一世的大臣们也时刻关注着从好望角航线所开辟的巨大市场。
1509年，阿方索·德·阿尔布克尔克（Afonso de Albuquerque）被任命为葡萄牙驻印度总督。与其说他的工作是民事的，不如说是军事的。他与印度教徒和穆斯林战斗，占领了果阿（Goa）和亚丁湾地区。之后，他抵达锡兰，控制了马来亚半岛的马六甲海峡，即后来的东印度香料贸易的中心。他从马六甲向葡萄牙运输了价值2500万美元的战利品。他的军队在亚洲各地横行。他派遣了20艘船到红海，并于1512年控制了西里伯斯群岛（Celebes Islands）和摩鹿加群岛。葡萄牙的对外扩张还在继续，1516年，杜亚特·科埃略（Duarte Coelho）打开了泰国和越南南部的贸易市场；第二年，费尔诺·皮埃斯·德·安德拉德（Fernão peres de Andrade）在中国的北京和广州分别签订了贸易协议。
在世界的另一端，哥伦布继续发现着一个接一个的新陆地，不断地向欧洲发回自己对“东方世界”的了解。然而，水手们越来越怀疑他们到达的地方根本就不是亚洲。到15世纪90年代末，他们的足迹已经到达了洪都拉斯、委内瑞拉、纽芬兰岛和北美大陆。1500年，加斯帕·克尔特·雷阿尔（Gaspar Côrte-Red）抵达拉布拉多；同年，佩德罗·卡布拉尔（Pedro Cabral）在通往好望角的航道上遇到了风暴，被困在了巴西，于是在这里升起了葡萄牙国旗；而维森特·亚涅斯·平松（Vicente Yáñez Pinzón）却声称这是西班牙的领土。
在发现了巴拿马、哥伦比亚以及亚马孙河口后，一条漫长的海岸线开始现出轮廓。不过这仍然有待于佛罗伦萨商人阿美利哥·韦斯普奇（Amerigo Vespucci）的证实。他是为美第奇家族服务的。在西班牙做生意时，他也受到探险热的影响，曾驾驶悬挂葡萄牙旗帜的船只向西航行。后来他在给意大利朋友的信中声称，1497年6月16日，在前往他四次探险中发现的“诺活蒙多”（novo mondo）时，他找到了一片新大陆。虽然人们对此怀疑，但哥伦布和西班牙政府都深信不疑，并任命他为西班牙水手首领。1507年4月，圣迪大学宇宙学教授马丁·瓦尔德泽米勒制作了第一幅标有西半球的地图，并将其称作“美洲”（America）。30年后，杰拉杜斯·麦卡托（Gerardus Mercator）继瓦德西姆米勒后又制作出另一幅地图，从此，人们才渐渐明白世界不仅仅只有一个大陆。
“对欧洲以外未知疆域的探险——麦哲伦的环球航行是这波探险浪潮的最高峰——将整个世界呈现在了人类面前。”在1507年，即麦哲伦启航12年前，德国宇宙学家、制图大师马丁·瓦尔德泽米勒与人文学者马蒂亚斯·林曼(Matthias Ringmann)出版了最早的世界地图。在这幅地图中，美洲第一次被命名，并将大西洋和太平洋分隔开来。
在新世纪（即16世纪）的第二个10年，欧洲对美洲的印象类似于一个巨大的拼图，只是这些拼图的碎片正在迅速地变成一片片的陆地。受英格兰国王的委任，约翰·卡波特考查了圣劳伦斯河，其他人则负责绘制从萨瓦纳河（Savannah River）到查尔斯顿（Charleston）的北美海岸线。为了追求中世纪的长生不老之梦，1513年4月2日，胡安·庞塞·德·莱昂（Juan Ponce de León）在萨瓦纳河以南400英里登陆，把新发现的地方命名为 佛罗里达 注84 ，并宣称这里是西班牙的领土。其他的西班牙人则宣称阿根廷为西班牙所有，并到达了墨西哥湾，插上西班牙国旗。1519年，蒙特苏马二世（Monteauma Ⅱ）犯了一个致命错误：热情地迎接了赫尔南多·科迪斯（Hernando Cortés），由此成了墨西哥阿兹特克帝国的最后一任皇帝。
虽然爱国热情在这些探险家胸中熊熊燃烧，但他们却从未忘记自己的最重要目标。他们依旧在寻找神秘的东方。新大陆的出现仅仅是刺激了他们的欲望。哥伦布已经完全信誉扫地，但是谜底依旧没解开：如果美洲曾被误为是东方所在地，那么东方到底在哪儿呢？这片新大陆的另一边到底有什么？根据他们的航海日志，在16世纪初，有一些人已经快要找到答案了。1501年，罗德里戈·德·巴斯蒂达斯（Rodrigo de Bastidas）就抵达了巴拿马的大西洋海岸。第二年，哥伦布在最后一次大西洋之行中被风暴吹到了巴拿马地峡岸边。这是他航海经历中遇到的最大的一次风暴。他在日志中写到，水手们已经精疲力竭，只想用死来结束这可怕的痛苦。但他们当时并没有意识到，太平洋距离他们只有40英里了。他们在这里的海湾庆祝圣诞节和新年，这个海湾就是现在巴拿马运河的东端。7年之后，西班牙的殖民者在达连湾（Dariên）开辟了一个殖民地，但他们也没有跨越这个陆地上的狭长地带。
最终，瓦斯科·努涅斯·德·巴尔博亚（Vasco Núñez de Balboa）做到了。1513年9月25日，罗德里戈·德·巴斯蒂达斯率领的探险队的成员之一、38岁的巴尔博亚爬上了一座高峰，看到了脚下的太平洋。4天之后，他到达了太平洋海岸，把这片大洋命名为“南海”（South Sea），并宣称它和它的海岸都属于西班牙国王。这种做法有些过分，甚至在某种程度上不够虔诚。他违反了亚历山大六世在哥伦布第一次航海之后在梵蒂冈订立的政策。
博尔吉亚教皇作为一名西班牙人，自然偏袒西班牙，但葡萄牙人也有权建立新帝国，他们在这次探险中发挥了重要作用。因此，教皇把大陆东边的所有非基督教土地分给了葡萄牙，把西边分给了西班牙，规定在亚速尔群岛和佛得角群岛以西100里格（League，1里格合3海里，约5.5千米）处划了一条虚拟的南北向分界线（即教皇子午线）。这激怒了英格兰国王亨利七世，他拒绝承认教皇的划分，发誓要建立自己的帝国，并任命卡波特为第一个建立者。由于各种原因， 里斯本和巴利亚多里德（Valladolid） 注85 也对这种划分不满，很快它们就和西班牙爆发了战争。随后双方达成《托尔德西拉斯条约》（Treaty of Tordesillas），将分界线西移了270里格。直到那时，教皇的决议还是被认可的，但在未来，西班牙向西发现的所有土地都归西班牙所有，而葡萄牙向东发现的土地则归葡萄牙所有。不过这仍然不能满足双方的贪欲。因为双方都没有意识到地球是圆的。最终这两个国家的探险家们将会相遇。这样一来，摩鹿加群岛——香料群岛——就成了灰色地带。葡萄牙占据了这一群岛，西班牙对此一直耿耿于怀。每个人都在虎视眈眈。而对费迪南德·麦哲伦来说，这成为他可以利用的机会。
在美洲发生一系列激动人心的事件时，麦哲伦还在地球的另一边为葡萄牙效力。在那里，里斯本的贸易正在蓬勃发展，而无数像他这样的人正在为曼努埃尔一世开拓殖民地。从1505年开始，他已经在那里待了7年，去过非洲、印度、马六甲和莫桑比克。这一时期正是葡萄牙在印度击败穆斯林的时期。麦哲伦在战斗中和海上航行中的表现都相当出色。
1513年，巴尔博亚穿过巴拿马地峡，宣称对“南海”——太平洋拥有主权。这幅图是1601年出版的一本关于西班牙探险家探索和征服新世界的图书中的插图。
在航行空闲的时候，麦哲伦会在甲板上与来自亚洲甚至是冲绳的水手和领航员交谈，询问潮水、风向、磁盘读数——这些信息如果用笔记录下来的话，就能够构成航海日志。通过这种方式，他对印度尼西亚群岛的了解已经超过任何其他欧洲水手，而且他还对来自新世界的报告，尤其是巴尔博亚的描述充满兴趣。与其他欧洲所有水手一样，他也认为巴拿马以西的海域很狭窄。摆在眼前的问题是如何通过水陆抵达，并在那里找到葡萄牙人所说的巴拉多玛（Obraço do mar）、西班牙人所说的埃尔巴索（el paso）的地方——一条从大西洋通往“南海”的海峡。
他们不断地探测这条南北半球的分界线，但结果一直让人失望。巴拿马海峡太狭窄了。从北纬60度的拉布拉多到南纬30度的巴西，美洲海岸到处是一片岩石地带，令人心生畏惧。在北部，成千上万的岛屿和入海口呈现在我们现在称作加拿大的陆地上，为在西北方向开辟道路提供了可能。在某些人的心里，这种想法一直延续了4个世纪，直到挪威的探险家罗尔德·阿蒙森（Roald Amundsen）在1906年到1909年穿过了这些数不胜数的海峡，才发现其周围满是冰封的海水，加上其他极地条件，在这里开辟新航道几乎不可能。事实上，在4个世纪以前，很多航海者就放弃了向北探险。人们普遍认为，如果一定有一个入口的话，那一定是在南边。然而，这些探索者们还是灰心丧气了，因为很早以前，一些地图绘制者就告诉他们，大陆的南边一直延伸到了南极洲。
这就是1517年10月20日那天的大致形势。这一天，近40岁的麦哲伦宣布放弃葡萄牙国籍，同他的几名水手和马来亚奴隶恩里克到达了西班牙南部的塞维利亚。他要效忠西班牙国王。在那里，即将发生在他身上的事情，就如同维多利亚女王时代的道德故事：衣衫褴褛的男孩迪克，或者是忠实的弗雷德，到达了一座繁华的城市，被这里的喧嚣所迷惑，遭遇了想要利用他的狡猾盗贼，又遇见了善良的盟友，在一连串的沮丧中活了下来，最后终于凭借自己的勇敢战胜了一切。
那时，麦哲伦没有遭遇到任何盗贼——他们在之后才到来——但是塞维利亚的确是一片混乱，尤其是在皇家贸易局（Casa de Contratación）。准备赞助探险事业的商人们与船长们在此会晤，双方在国王的监督下达成协议，探险家们将从这里出发。整个大厅就如同酒馆一样，挤满了探险家、领航员和经验丰富的水手，其中一些人和哥伦布、克尔特·雷阿尔、约翰·卡波特、塞巴斯蒂安·卡波特（Sebastian Cabot）一起出过海，而且他们都带有地图和航海计划，保证能为他们的国王卡洛斯一世及其他赞助者，当然还有他们自己带来财富。急需盟友的麦哲伦找到了迪尔戈·巴博萨（Diego Barbosa），他也是葡萄牙裔，而且与麦哲伦家是世交。迪尔戈已经为西班牙国王效劳了14年，他一见到麦哲伦，就对他颇有好感。迪尔戈的儿子、航海员杜亚特·巴博萨（Duarte Barbosa），也被麦哲伦所吸引。最后，他的女儿贝阿特丽丝·巴博萨爱上了麦哲伦，在一场简短的求婚仪式后，她成了麦哲伦的妻子。
中世纪的塞维利亚，是西班牙唯一有内河港口的城市。1492年，哥伦布就是从这里出发，开启了伟大的美洲探险之旅。
在岳父的支持下，麦哲伦来到皇家贸易局，正式呈递了他和一位葡萄牙天文学家吕伊·法力罗（Ruy Faleiro）制订的航海方案。这份方案早在里斯本就已经写好了。它描绘了一场向西航行、跨越半个地球到达摩鹿加群岛的航行，由他自己亲自带队，由西班牙国王资助，作为回报，这些岛屿将归西班牙所有。由3名官员组成的委员会拒绝了这份方案，但是在听了具体内容之后，其中的一名官员胡安·德·阿兰达（Juan de Aranda）派人传话，想要单独见见这份计划的制订者。胡安是贸易局的代理人，想要更深入地了解麦哲伦。作为商人，他被可能从葡萄牙的香料群岛中获利的想法深深地吸引了。在听完进一步的描述之后，他同意以王室的名义资助麦哲伦。作为回报，他希望得到探险利润的八分之一。那年冬天，他同卡斯蒂利亚的大臣进行了一次精心设计的协商，争取了枢密院委员会的支持。同时，麦哲伦给法力罗写了一封信，让他即刻来西班牙。
第二年年初，在枢密院的支持下，国王卡洛斯一世在巴利亚多里德接待了麦哲伦等人。麦哲伦和法力罗告诉国王，摩鹿加群岛，也就是印度洋的香料群岛，位于教皇子午线的西班牙一侧。他们还说，葡萄牙的航行路线——从印度洋到巽他海（Sunda Sea）——过长，完全没必要。因为从西边出发，有一条更短的路线可以到达这个群岛。当然，这意味着要从南部穿过美洲，但可能要通过南美洲的一个通道，而这个通道只有麦哲伦他们知道。卡洛斯一世被说服了，承诺给予这两个里斯本人支持，还写了书面协议。随后，册封麦哲伦为爵士，还任命他为摩鹿加船队的指挥官。
就这样，一场伟大的探险——或者创造纪录之旅——开始了。然而，常识告诉我们，事情远远没有那么简单。在那天，这位新任的船队指挥官仅仅是贸易局成千上万的申请者之一。绝大多数人的申请都被拒绝了，而他却成功了，这不是因为他吸引了巴博萨、阿兰达、枢密院和国王——他的吸引力是微不足道的——而是因为这些人觉得他是一位特别有能力的船长和航海员，他很清楚自己正在做的事情。
他对南边的海洋了如指掌。虽然从未到过香料群岛，但他从一个朋友弗朗西斯科·塞劳（Francisco Serrão）那里获得了很多信息。塞劳也是一位葡萄牙船长，他爱上了香料群岛，并决定在这里度过余生，生儿育女，享受这里天堂般的气候。他还写了许多抒情诗调的长信，详细地描写了这个群岛，麦哲伦在巴利亚多里德曾把这些信向西班牙人展示。他承认，尽管他还没有去过西半球的海洋，但他对这些海洋十分了解。作为一名有贵族血统的葡萄牙人，他曾经在非洲、亚洲以及周围岛屿为国家服务过，并且进入过里斯本著名的藏宝室。在那里，在“叛逃”到西班牙之前，他仔细研究了地图、航海日志，以及那些已经去过美洲的同胞们的航海方向，他掌握了所有的相关信息。
然而，给西班牙皇室留下最深刻印象的是他的自信。其他的申请人对自己的航海方案仅仅基于一种猜测。但麦哲伦却说，他明确知道香料群岛的信息，而且用果断风格证实了自己。他非常肯定地说摩鹿加群岛属于西班牙，而且法力罗为他带来了一个自己亲自设计的地球仪。两个人向王室保证，他们知道通往巴尔博亚海的神奇通道的位置。当国王询问为什么地图上没有标明这条通道时，麦哲伦说这是最高机密，他们不能冒任何可能泄漏这个秘密的风险。
安东尼奥·皮加费塔（Antonio Pigafetta）是麦哲伦船队的一名船员，负责填写航海日记。他是活着返回西班牙、首次环绕地球的18位幸存者之一。他为这次麦哲伦的历史性航行留下了详细而珍贵的记录。这幅图是其出版的《麦哲伦航行日记》中的插图，描述了香料群岛中的5座岛屿，“世界上最好的丁香就长在这5座岛屿的5座山上”。
他的言之凿凿是发自内心的，但就像建在流沙之上的建筑。法力罗的地球仪是有缝隙的，虽然这导致的对经度误差仅有4度，但这足够让他们声名扫地。这个群岛事实上在葡萄牙范围一侧，而不是西班牙。另外，随着越多的人了解这片岛屿，里斯本的主权声索就越强。更重要的是，这对搭档声称，麦哲伦能找到连接大西洋和太平洋的海峡，这一声称其实完全是虚假的。5个世纪之后，他们的错误已经完全暴露了，虽然当时他们犯错的源头看似合理。第一件物品是纽伦堡的地理学家马丁·倍海姆（Martin Behaim）所作的地图，他是葡萄牙皇室的地图绘制员；第二件物品是一个地球仪，由约翰内斯·夏纳尔（Johannes Schöner）于1515年制作；第三件物品是西大西洋航海日志，麦哲伦从里斯本到塞维利亚前后得到的。地图和地球仪都显示出了两个大洋之间有一个南部通道。后来的事实证明，倍海姆和夏纳尔弄错了这个通道的位置。但是，在1516年，它们似乎得到了证实。当胡安·迪亚斯·德·索利斯（Juan Díaz de Solís）沿着美洲海岸航行，以为自己到达了马来亚半岛时，发现了一个巨大的漏斗状河口，通向现在的布宜诺斯艾利斯。
虽然索利斯被印第安人杀死，但船员们还是找到了回国的路。对于麦哲伦来说，他们对拉普拉塔河的描述（塞巴斯蒂安·卡波特以后对其的命名），终于解答了最后一个疑惑。即使在今天，我们确实也难以相信这个河口——事实上，它是两条河的入海口——不是一个宽阔的海域。河口宽140英里，而且西部海岸距此170英里。对于熟悉葡萄牙和西班牙的瓜迪亚纳河、台伯河或者莱茵河的欧洲人来说，这个海峡一定和他们熟悉的海峡——达达尼尔海峡或者直布罗陀海峡——没什么不同。但他们错了，麦哲伦也被他们误导了。人们信以为实的错误认知曾经在历史上扮演了重要角色，这次也不例外。如果这位船队指挥官知道了事实，他就不会那么自信满满了，而卡洛斯一世和他的枢密院也会拒绝这个带有不确定性的申请；即使他们同意了，麦哲伦在航海中至关重要的意志力也可能会动摇，从而导致致命的灾难。
这是一幅1754年制作的地图，其蓝本是约翰内斯·夏纳尔于1515年制作的地球仪。在这幅地图上，一条“海峡”将“America”和“Brasilie Regio”两个大洲分开，但实际上，那不过是拉普拉塔河的河口。
里斯本的人对正发生在巴利亚多里德的事情并不了解，他们只知道：一位经验丰富、熟悉有关最高机密的葡萄牙海航家，离开了葡萄牙，受西班牙国王的委派，要将香料群岛从葡萄牙那里夺走；他已经组织好了船队。但这足以让葡萄牙国王曼努埃尔一世感到担忧。为此，他向马德里派遣了使者阿尔瓦罗·达·科斯塔（álvaro da Costa），想要破坏这次探险行动。幸运的是，科斯塔很愚蠢。他想强迫麦哲伦，失败之后，他先是恐吓西班牙国王，说葡萄牙会把西班牙继续支持麦哲伦航海的行动视为不友好行为；接着又说麦哲伦和法力罗打算回国，但是西班牙禁止他们离开塞维利亚——事实上，这是一个谎言，在被揭穿后，这位愚蠢的使者被解除了职务。然而，阻止这次航海的阴谋仍然在继续，并确实给麦哲伦带来了一定的麻烦。当麦哲伦开始征募船员时，葡萄牙的领事塞巴斯蒂安·阿尔瓦雷兹（Sebastian álvarez）突然要求他们离开，他还散布恶毒谣言，把西班牙的四位船长秘密召集起来，告诉他们，他们的船队指挥官麦哲伦实际上是一个双面间谍，他这么做是为了降低西班牙的地位，提高葡萄牙的地位，并带着整个船队“叛变”。
这颗邪恶的种子落入了肥沃的土壤。这四位船长中，只有一位是经验丰富的职业水手，其余三位都是傲慢的年轻人，是深得西班牙国王宠爱的侍臣，现在却成为一个外国人的下属，这让他们很愤怒。因此，这次航海探险在启程前，就遇到了无数困难。由于阿尔瓦雷兹卑鄙的诡计——他四处散布谣言，说这项任务十分危险，而且这些船只根本不适合远航——招募水手变得很困难。最后招募上来的人都是码头上被挑剩下的水手：他们衣衫褴褛，浑身污垢，身患各种疾病，流浪无定，说着西班牙语、葡萄牙语、意大利语、德语、英语，甚至阿拉伯语。塞维利亚港一些爱管闲事的官员试图拒绝招收葡萄牙人，包括麦哲伦的几个亲戚、妻弟杜亚特，以及葡萄牙最出色的水手之一艾斯特瓦·高莫斯（Estevao Gomes）。
在整个准备过程中，作为船队指挥官的麦哲伦受到了一次又一次的刁难。他没有收到自己定制的航海设备，国王卡洛斯一世和枢密院许诺过的资金也没有兑现。最终他凭借极大的耐心打动了国王和王室代理人。然而最后，他又遇到了一个最棘手的麻烦：他的伙伴法力罗。这个没有任何航海经历的人，认为他和麦哲伦应该同时担任指挥官，但这是一个不可能实现的要求。如果满足了这个要求，那么麦哲伦的船队在这次漫长航行的第一步中都无法幸存下来。没有人确切地知道麦哲伦是怎么克服这个挑战的。有的人说，法力罗后来疯了；有的人说，西班牙任命他为另一个航海行动的指挥官，但是航海计划从来没有实施过。不管怎样，法力罗还是把自己的地图和天文航海表交给了麦哲伦。1519年9月20日，麦哲伦和他的船员们拉起了印有圣詹姆斯十字架的船帆，顺风向西启航。
麦哲伦的摩鹿加船队从西班牙启程出发，开启了一场未知的探险之旅。
随着“特立尼达”号的起航，这位船队指挥官看到身后的大陆慢慢地消失。然后，他不安地打开了岳父在起航前最后时刻送来的紧急信件，从信中他得知了三位船长的阴谋。为首的是“圣安东尼奥”号船长胡安·德·卡塔赫纳（Juan de Cartagena），他是布尔哥斯主教的亲信，据说是主教的私生子。迪尔戈·巴博萨获知，只要时机成熟，卡塔赫纳就会发出反叛的信号。
巴博萨所说并非危言耸听，麦哲伦能感受到这些年轻人的敌意。其中的一位在船队离开塞维利亚之前，就蓄谋了一场与麦哲伦的公开争吵；而且西班牙人可能在麦哲伦透露了航海计划路线之后就将杀害他。麦哲伦不得不认真对待这个警告，这是他的领导权威在这次航行中遇到的第一个挑战。如果不能完全消除疑虑，他就揭露这个阴谋。如果耐心和缜密是他的特点的话，那么他也是个暗藏心机、坚持纪律严明的人，并决定不惜任何代价在下属面前树立威信。如果这个情报是真的，密谋叛乱就是犯罪，但是这三位船长的怨恨感不能算犯罪。作为皇家委员会的官员，他们认为麦哲伦理所当然应该信任他们，会给他们提供地图，告诉他们具体航线，最重要的是，会告诉他们通道的具体位置。
然而，麦哲伦什么也没有告诉他们，什么也没给他们。他决心镇压任何反叛，但又不造成任何损失，于是同这几位西班牙船长保持着安全的距离。从西班牙到巴西的第一个十周，其余的船只都要跟随在旗舰之后。每天傍晚，“特利尼达”号就会挂上一盏灯，其他船只奉命保持在这盏灯的视线范围之内。日落之后，这盏灯就会亮起，“圣安东尼奥”号、“康塞普森”号、“圣地亚哥”号和“维多利亚”号这4艘船就会到达旗舰的船尾，轮流夜班巡逻。
西班牙人对此感到非常愤怒。作为一名船长，而且是这支船队最大船只的船长，卡塔赫纳想为其余几人出头，却遭受冷落。这几位西班牙船长对指挥官的航海方向充满困惑，他们以为，麦哲伦会直接把他们带到新大陆去。然而，当到达北纬27度时，麦哲伦改变了前进方向。现在，他们顺着美洲海岸航行。他有充足的理由这么做。在离开西班牙之前，他得到了一个可靠的消息：葡萄牙国王曼努埃尔一世派出了两支舰队试图在途中拦截他。麦哲伦决心甩掉他们，于是先沿着非洲海岸航行，之后横穿大西洋航道。如果他把原因告诉了那些船长们，他们会理解这样的做法，但是，他生性沉默寡言，而且不信任他们。因此，当卡塔赫纳在甲板上大声询问船队到底要驶往何处时，麦哲伦回答道：“跟着我走，不要问任何问题。”
船队起航后仅仅过了几周，身为西班牙贵族的“圣安东尼奥”号船长胡安·德·卡塔赫纳就因为不服从命令而被麦哲伦逮捕。
卡塔赫纳大怒，决定要用自己的方式回应这次侮辱。他连续三天没有履行黄昏换班的规定。他依旧保持下属的姿态，但派遣他的舵手到旗舰那里，称麦哲伦为船长，而不是按规定称船队指挥官。麦哲伦忽视了这种轻视，假装漠不关心，并召集了船队所有的官员开会。卡塔赫纳想再一次质询他，而麦哲伦再一次无视了他。当他故意煽动人们违抗麦哲伦，并付诸行动时——他无法控制自己的情绪，大喊以后不会再听从麦哲伦的命令——麦哲伦逮捕了他。他抓住了卡塔赫纳，大喊“你现在是我的囚犯”，并把他交给附近的卫队看管。另外一名西班牙军官安东尼奥·德·科卡（Antonio de Coca）接替了卡塔赫纳船长的位置。其余三位船长吓得默不作声，错过了最后的机会。至少，麦哲伦暂时度过了危机，挽回了作为船队指挥官的威严。
1519年11月29日，星期二，“特立尼达”号的观察员看到了巴西海岸，两周之后，这5艘船驶入了里约热内卢海湾。早在18年前，葡萄牙人就发现了这里。虽然麦哲伦之前从没有向任何人袒露过心声，但是在里约，他与船队中一位年轻的航海者举行了第一次谈话，这位航海者在航行结束后成了麦哲伦传记的作者。安东尼奥·皮加费塔是威尼斯的贵族，他曾代表威尼斯到海外航行。他此次随队出行的任务本来是观察香料贸易并向国内汇报，但他主要的兴趣以及偶像很快就成了麦哲伦。在日记中，他开始大量详细地记录麦哲伦的一言一行，例如，他记下了麦哲伦在里约第一次尝到菠萝，还把海岸的原住民们转变为基督教徒的有关情景。
由于这里有舒适的天气，还有美女相陪，船员们希望一直待在这里，但是他们的指挥官下令立即起航。根据夏纳尔的地球仪标记，索利斯河（Rio de Solis），也就是现在的拉普拉塔河，就在南边1000英里处，他早已迫不及待想要找到这条珍贵的通道了。在海边逗留了两周后，这艘旗舰带领着其他船只穿过了圣母玛利亚角。之后，他们眼前出现了一座山丘，他们将其命名为蒙得维迪（Montevid）——也就是今天乌拉圭的首都蒙得维的亚——观察员在此发现了一个巨大的河口。他们发现要看到这条河的远处河岸是不可能的，于是高兴地欢呼起来。毫无例外，皮加费塔写道，他们认为这就是传说中海峡入口，他们的指挥官也对此确信无疑。对他们来说，这里就是3年前胡安·迪亚斯·德·索利斯去世的地方，从这里可以到达巴尔博亚的“南海”，然后再往西600里格就是传说中让人垂涎三尺的香料群岛。
但麦哲伦渐渐意识到了这个致命的错误，就如同一个人意识到自己永久丢失了一笔原本属于自己的最宝贵财富一般。他告诉自己，应该就在这里，或者我已经遗漏了它；它一定就在某处；因为它不可能毫无根据地就消失了。但随后他渐渐接受了这个“灾难”，伴随而来的是巨大的空虚感。这个凄凉的事实就这样发生在了他身上。尽管有法力罗的精确计算、夏纳尔的地球仪、倍海姆的地图，以及在里斯本藏宝室珍藏了14年的航海图，但这位船队指挥官发现，那不是一个海峡，而是一个巨大的海湾。但他是个不到黄河心不死的人，又花了一个月的时间，多次探索拉普拉塔河，想要找到一个答案，但最后都失败了。最终，在1520年2月2日，星期四，他放弃了希望。当他意识到自己失败时，我们可以想象他心中的悲伤。这意味着，他在巴利亚多里德对国王和枢密院许下的诺言将无法实现。但他不能对任何人说出心中的失落。如果那几位西班牙船长知道了这个事实，就会用手铐铐住他，把他关进船队的禁闭室，送回西班牙，免去他“圣地亚哥勋章获得者”的荣誉，并以欺骗、敲诈王室钱财的罪名控告他。因此，他不能放弃继续探索。就像在韦拉克鲁斯的科迪斯一样，他只能破釜沉舟。而如果返回葡萄牙，他一定会以叛国罪被起诉，因而也行不通。他感觉要么光荣地活下去，要么就耻辱地接受判决。
西班牙宇宙学家阿隆索·德·圣克鲁斯（Alonso de Santa Cruz）于约1542年绘制了这幅拉普拉塔河的地图。他曾于1525年同威尼斯探险家塞巴斯蒂安·卡波特航行到这里。当意识到这里根本不是海峡、而只是一个巨大的河口时，麦哲伦震惊、失望，又有些不知所措。
如果这个海峡存在的话，那只可能在西南方向。他的命运跟这个海峡紧紧地联系在了一起。在2月的第一周，他没有向困惑的众官员和水手们解释任何理由，他们只知道南部海域是最终目的地。他带领他们穿过了危险和湍急的海浪，直接向荒无人烟、一毛不拔、越来越寒冷的南极洲附近的巴塔哥尼亚海岸驶去，祈祷着他的梦想能在下一个海角，或者下下个海角实现。他仔细勘探每个海港和海湾，派出测深员仔细勘查附近环境，直到遇见浅水区被迫撤出，前往下一个海湾。2月24日，他把希望寄托在圣马蒂亚斯湾（Golfo San Matías），派遣了几队小船在那里进行彻底勘察。但他们最后还是筋疲力尽地空手而归。接下来他们又勘测过巴伊亚港（Bahía de los Patos），以及圣豪尔赫湾（Golfo San Jorge），但结果都令他大失所望。
天气越来越寒冷， 之前没有任何一个欧洲人曾经如此靠近过南极。 注86 白天越来越短，风越来越猛烈，海洋越来越灰暗，海浪越来越高，这预示着南极的冬天快要到来。要想战胜恶劣的天气，只能由南纬迅速地驶向北纬。他们最先登陆的里约热内卢远在赤道之下，如同基韦斯特（Key West）远在赤道之上一样。同样，拉普拉塔河就如北部的佛罗里达州、圣马蒂亚斯湾就如同波士顿，至于他们在恶劣的天气中挣扎了37天后才抵达的圣胡利安湾（Puerto Son Julián），就如同加拿大东南部的新斯科舍省一般。在雨夹雪和冰雹的摧残之下，这5艘船已经一片白色。他们在一周内至少会遭遇两次龙卷风，所有船只的前舱和后舱多次被狂风吹移，木匠最后不得不反复修复。水手们如同僵尸似的蜷缩着，几乎要从冰冷的船上掉入海底。然而，要寻找的通道依然没有任何线索。
他们在离开拉普拉塔河之后缓慢前行了1330英里，抵达了阴冷、凄凉的圣胡利安湾。麦哲伦决定在这里过冬。他们已经抵达了南纬49度。3月31日，星期六，他告诉船长们，他打算要继续往南前行，直到找到那个海峡，即使它在南纬70度以下。有人认为，他们听见他说要是在南纬75度找不到这个海峡，就承诺带他们回国。但是如果他真的这么说了，他也许并不知道那意味着什么。在南极那个纬度上的威德尔海中，整个船队都会被迅速冻住。然而，他的意志还是坚定不移。在圣枝主日，也就是复活节前的星期日，他减少了所有船员的面包和葡萄酒，故意要激起反抗。他知道导火索就在那里，就等着火花溅起。在水手中，有许多忠于国王的西班牙人，而且他知道那几位西班牙船长心怀鬼胎。周一，他召集他们和自己一起用餐。他们无理地拒绝了。这是一个挑战。事实上，他们接着发动了更大的挑战。就在那天晚上，也就是1520年4月2日夜晚，他们反叛了。
他们的行动在晚上开始。胡安·德·卡塔赫纳、安东尼奥·德·科卡和加斯帕·德·克萨达（Gaspar de Quesada）率领30名武装水手登上大划艇，小心翼翼地划往“圣安东尼奥”号这条船队中最大的船。国王卡洛斯一世的枢密院如果知道了卡塔赫纳没有再担任这条船的船长，一定会非常吃惊。在巴利亚多里德，这次航行计划的制订者就在设想着这位船队指挥官站在旗舰“特立尼达”号的甲板上，4名西班牙人则指挥其余4艘船只。但是在航行开始后，麦哲伦利用船队指挥官的权力，调换了船长。现在他们已经出发6个半月了，麦哲伦的表哥、葡萄牙军官阿尔瓦罗·德·梅斯基塔（álvaro de Mesquita）担任了“圣安东尼奥”号船长。“康塞普森”号和“维多利亚”号仍由年轻的西班牙人指挥。如果卡塔赫纳恢复船长之职，这些控制了3条船的叛乱者们就会阻挡通向宽阔海域的航线，在海湾抓住他们的船队指挥官。在“圣安东尼奥”号上，所有船员都在熟睡。为什么麦哲伦没有提醒梅斯基塔，让他提高警备，这一直是个谜。众所周知，他是这些船长中最警惕的，而且叛乱的征兆已经确定无疑。也许，他不相信他们会真的叛乱。毕竟，他们都是受过良好教育的贵族，并且在塞维利亚发过誓会服从麦哲伦，而且叛国不仅仅是死罪，也是耻辱。他也怀疑他们的叛乱决心。事实上，在之前的几天，他们一直迟迟没下决定，但一旦行动开始却信心百倍。他们借助绳梯爬上了这艘大船的甲板，很快就占领了“圣安东尼奥”号。梅斯基塔醒来时发现自己被一群手握刀剑的士兵团团包围。没过多久，他被戴上镣铐，关进了囚室。到目前为止，这场叛变还没有流一滴血。随后梅斯基塔的手下被骚乱惊醒，询问发生了什么事，其中一位——“圣安东尼奥”号大副胡安·德·埃罗利亚加（Juan de Elorriage）当面质询叛乱者。克萨达和他的手下砍了埃罗利亚加六刀，埃罗利亚加奄奄一息地躺在了甲板上。之后再没有人反抗。在一阵欢呼过后，所有忠于麦哲伦的船员都被铐上镣铐，叛乱者们闯入食物储藏室，把红酒分发给其余人。克萨达在甲板上任命胡安·塞巴斯蒂安·德·卡诺（Juan Sebastian del Cano）为船长，其余的人则悄悄地回到了自己的船上。
星期二早晨，麦哲伦像往常一样起床，在指挥过程中并没有发现异常。但很快他就会明白发生了什么。在冬季，船队每天都会派出一艘船上岸。这艘船的任务是为所有的船只收集淡水和木材，每艘船都派出了专门的作业小组，但当这艘船驶近“圣安东尼奥”号时，水手长十分生气，因为绳梯没有放下来，也没有水手来帮忙。他怒气冲冲地要求得到解释，船上的人告诉他，现在这艘船由克萨达领导，不会听从所谓的船队指挥官的命令。水手长匆忙回到“特立尼达”号汇报，麦哲伦冷静地让他去巡视其他船只，要求他们向麦哲伦宣誓效忠。“维多利亚”号和“康塞普森”号拒绝了这个要求。只有“圣地亚哥”号的船长塞拉诺（Serrano），这个忠实的西班牙人承诺自己会效忠。
战争的序幕就这样拉开了。在任何一场战斗中，“圣地亚哥”号——五艘船中最小的一艘，排水量只有75吨——都会很快被击沉。它也不可能独自环游世界。麦哲伦似乎已经彻底失败了，然而探索航道遇到的困境——更不用提他的性格——使他不可能屈服。现在，跟往常一样，耐心是他唯一可以依靠的东西。他静静地等待着叛乱者的消息。当消息传来时——克萨达代表其他人送来信件——暴露了他们可怜的弱点。他们高贵的出身将成为他们毁灭的根源。这封信没有透露他们的愤怒和海盗式的反叛之举，也没有最后通牒，甚至连要求也没有。他们只是联名写了一封请愿书，声明他们承认国王授予麦哲伦至高无上的权力。作为下属，他们只是希望他能更好地对待他们，给他们高贵的出身留一点尊严。除此之外，还问了一些关于航海计划的问题，尤其是他打算怎样到达香料群岛。这些全都由辞藻华丽、溜须拍马的西班牙诗歌写成。
叛乱者可以提出要求，但是不能乞求原谅。他们的力量仅仅来源于实力，如果他们放弃了，就没办法保护自己。现在，麦哲伦找到了对付他们的办法。他将凭借着勇气再次控制整个船队。他知道，一些反叛的船长希望他攻击“圣安东尼奥”号，这是由这条船的大小所决定的，而且他的表哥也被囚禁在那里，谋反的主要策划者克萨达也在这条船上。但麦哲伦认为要出其不意，于是，他决定先夺回“维多利亚”号，这条船的船长路易斯·德·门多萨（Luis de Mendoza）也更容易被打败。这次反攻由两艘大划艇负责。较大的这艘可以在风力的推动下搭载15名全副武装的水手，由杜亚特·巴博萨带领。另外一艘较小的由贡萨洛·戈麦斯·德·埃斯皮诺萨（Gonzalo Gómez de Espinosa）带领，他是船队的水手长和卫队长，尽管只带领了5名水手，但他的任务却十分重大——先发制人，发动佯攻。
戈麦斯率领船只逐渐逼近“维多利亚”号，并且自称携带了麦哲伦的亲笔信。门多萨并没有将这艘小船放在眼里——他船上有60名西班牙人——因此同意戈麦斯上船。这是一个精心设计的陷阱，因为戈麦斯这边分散了水手们的注意力，而巴博萨率领小分队在浓雾的掩护下，悄悄地绕到了“维多利亚”号背面。
麦哲伦在信中直言不讳地要求门多萨归顺旗舰。看完这封信后，这个西班牙人对这个如此明显的陷阱不屑一顾，嘲弄地大笑：“你不可能在这儿抓住我！”但他的笑声突然停止了——戈麦斯突然在他的咽喉上划了一刀。这是给巴博萨发出的信号，随后他们跳上了甲板，从背后袭击了叛乱者。就这样，在几分钟之内，他们便收回了“维多利亚”号。巴博萨命令升起船帆，在其他两条船还未察觉时，“特立尼达”号、“圣地亚哥”号和“维多利亚”号就已经形成了一条坚固的防线，横跨在整个海湾口，截断了唯一的出口。最终，绝望的两艘船只好选择投降。梅斯基塔被释放出来，随后担任了军事法庭的法官。星期六，他的表弟麦哲伦宣布了判决。
麦哲伦清楚要继续航行，就需要更多人手。因此，除了克萨达、卡塔赫纳和一个挑起叛乱的西班牙新教徒，他赦免了所有叛乱者。只有克萨达犯了谋杀罪，必须被判处死刑。但由于他是一名贵族，所以最终被处以绞刑。他的随从路易斯·德·莫里诺（Luis de Molino）也杀了人，但莫里诺争辩他只是执行命令。麦哲伦权衡利弊之后，告诉他如果亲手砍掉克萨达的头颅，就饶他一命。这是一个恐怖的选择，虽然这件事不会让莫里诺花太多时间。按照当时的惯例，门多萨和克萨达这两位挑起叛乱的船长的尸体会被开膛肢解，然后把这些血淋淋、腐臭的肢体悬挂在竹竿上，以示众人，警示那些企图反叛的人。
这是19世纪出版的一本书籍中的插图，描绘了戈麦斯突袭门多萨的场景。
麦哲伦放过了曾经在国王身边担任重要职位的卡塔赫纳和一个曾涂圣油的牧师。他不会亲手杀掉这两个人，但是又不能囚禁着这两个人环游世界。因此，他们会被一直囚禁，直到船队离开圣胡利安湾。8月24日，当这5艘船起航继续向前航行时，这两个人则被遗弃在了寒冷的海滩上，只给他们留下了一点酒和食物。麦哲伦宣布他已经把他们的命运交给了仁慈的上帝，但是在16世纪，上帝的仁慈表现出的则是焦虑和苦咸。一想到被遗弃后的恐怖日子，他们便开始羡慕起那些被开膛肢解的同谋者了。
但是此次事件之后，麦哲伦的前途并没有因此变得更加平坦。虽然降低了叛乱的可能性，但在某种程度上也为自己断了后路。如果他的航行失败，再次出现在塞利维亚时，他将名誉扫地，而西班牙当局也不太可能接受他在圣胡利安湾的所作所为，他们一定会调查3名西班牙贵族和1名牧师的凄惨死亡。这位船队指挥官似乎觉得自己将以谋杀罪受审，而只有变成征服者，他才可能被赦免。但随着时间一周周过去，征服似乎越来越难以实现。这支船队现在只剩4艘船了，“圣地亚哥”号在一次探险中，遇到暴风雨失踪了。每天，船只都在狂风暴雨中颠簸前行，天气也越来越恶劣。在他们的西边，被白雪覆盖的山峰清晰可见，此外还见到了海豹及企鹅——当时人们把它们叫作“没有翅膀的鸭子”。 他们在南纬50度抛下锚。麦哲伦决定再休整8个星期，直到寒冷的冬季过去。现在，他几乎陷入了彻底的绝望中。每个希望都如此渺茫，挽回失败的可能性也很小。在过去的一年，他几乎航行了9000英里，镇压了一场血腥的反叛，探索着可能是无穷的岩石和沙滩的每个缺口，但是重要的东西什么也没有找到。
从8月26日到10月18日，在这充满焦虑、压抑、不安的8周里，他们仅仅航行了150英里——正常来说，这应该是两个航行日就走完的里程。
1520年10月21日，星期天，这天狂风大作。观察员们抓紧帆船的桅杆，看见远方有一个突起处，当接近时，这个突起处就变成了一堵白色的悬崖。再靠近一些，他们看见了一个海角，海角后面是一个巨大的黑水海湾。这天是 圣乌尔苏拉节 注87 ，为了纪念圣乌尔苏拉，麦哲伦把这里命名为维尔赫纳斯角（Cabo de los Vírgenes）。但是他的船长们依旧想着南方的海域，对这里并没怎么留意。这4位船长都认为这海浪的声音和挪威旁边海峡的声音一样。“我们都认为，这是一条死路。”安东尼奥·皮加费塔先生后来写道。只有他们的指挥官充满了好奇心。然而，由于他早在9个月之前就已经浪费了3周多的时间勘察拉普拉塔河，现在，他只有少量的时间来继续探索这个地方。他命令“圣安东尼奥”号和“康塞普森”号计算出从西边驶入这个海湾的距离，同时要求他们在最迟5天之内返回。
然而直到第5天还是没有见到他们返回的踪影，麦哲伦开始变得焦虑起来。当观察员在桅顶看见远处冒出一柱烟雾时，他警惕了起来。这是船只失事的海员们发出的信号。麦哲伦命令当这两艘船出现在船首左舷的时候，就放下救生艇。这些救生艇上面都插上了鲜艳的旗帜，而所有的船员都在挥手呐喊，并架起大炮，点火发出3声巨响。显然一定是发生了特别的事情。
塞拉诺从“康塞普森”号登上了旗舰。他说，遭遇风暴袭击的时候，他们已经接近了这个港湾的西部末端，但还是没有看见它的终点。相反他们看见了一个海峡——他称它为“第一海峡”。穿过这个海峡，他们进入了一片宽阔的水域，遇见了更宽阔的“第二海峡”。第三天，他们不得不掉头，在规定的5天之内返回。但是他们找不到这个水域的终点，每个海峡都是另一个海域的进口，海域宽度参差不齐，从2英里到20英里。领航的船员发现水域深不测底，他们进入的不是一条河；一路上水都是咸的，而在海峡的两边，潮水不断涨起落下。
一向沉着冷静的麦哲伦没有表现出任何高兴的神情，但是他下令齐发最后一轮炮弹向国王卡洛斯一世致敬，并带着船员们一起祈祷。此时的他并不知道，现在这位国王已经成为神圣罗马帝国皇帝查理五世。第二天早上，10月25日，星期四，由“特立尼达”号带领着其余三艘船驶过荒凉的岬角，进入到另一个陌生水道。麦哲伦把它称作“托多斯·洛斯·桑托斯海峡”（Canal de Todos los Santos），也就是现在的“麦哲伦海峡”。 在麦哲伦右舷船艏就是南美洲最南端，但当时他并不知道。他们在一座大岛和一群迷宫一样的小岛前抛锚，这些岛屿位于合恩角下方，距离南极350英里。由于温度太低，这里的土著居民冻得瑟瑟发抖，不断地生火取暖。麦哲伦能清楚地看见这些烟火，因此他把这里称为“火地岛”。
穿过这条蜿蜒曲折的水道对所有船员都是个挑战，尤其是对于船上的舵手来说，他们只能依靠木制的舵柄和笨重的船帆吃力地航行，这让他们筋疲力尽。这些通道交叉缠结在一起，让船员们疑惑不已。在不同的交叉口，可以通向西方、北方和南方。他们前面经常突然出现两条水道，麦哲伦只能被迫停止前进，派遣船员向前侦探，直到他确定哪条道路能够通行。所有海湾形状各异，而且经常有大量岩石突然横在中间，差点撞破船底。从第一天开始，他们就接连遭遇一阵又一阵的风暴，有时候几乎要掀翻领航船只，即麦哲伦的“特立尼达”号。之后天气有所好转，他们十分幸运。后来的船员发现这种恶劣的天气在这个海峡很常见。这确实是一个阻碍他们顺利通行的重要原因。
在海上又航行了1个月，没有人认为他们已经找到了传说中的那条通道。他们已经向前行驶了300英里，现在，能不时看见从未见过的鸟儿从头顶飞过，很明显，他们进入了另外一个海域。这时前面又出现了一个岔道口。在命令“圣安东尼奥”号和“康塞普森”号侦测东南方向的海路，同时5天内必须返航后——“特立尼达”号和“维多利亚”号则原地等候——麦哲伦召集了所有船长开会。他现在面临一个抉择——是现在带着他们的发现立刻回国，还是继续寻找香料群岛——他也希望大家汇报一下船上剩余食物的情况。所有的人都认为他们的食物很快就要吃完了，最多只能再撑3个月。“圣安东尼奥”号的领航员艾斯特瓦·高莫斯强烈地建议应该立即返回。食物短缺不是唯一的原因，除此之外，船只也急需修理，而且没有人知道香料群岛还有多远。如果路途很远的话，整个船队将难逃厄运，他们或渴死，或饿死，没有人知道自己的命运将会怎样。
这是安东尼奥·皮加费塔在《麦哲伦航行日记》中关于麦哲伦海峡的一张插图。他在1521年10月21日这天的记录中写道：“我们奇迹般地发现了一个海角，并将其命名为维尔赫纳斯角……它周围群山环绕，山上覆盖着积雪。它连接了另一个大洋——太平洋。”
这是一个很好的提议，但麦哲伦并不赞同。他说，大家应该继续前行，尽管一定会有各种困难，但即使他们最后只能吃船上的皮革，他也会遵守对国王卡洛斯一世的诺言，并且相信上帝一定会帮助他们，指明一条出路。麦哲伦还下令船长们不能向船员透露食物短缺的消息，否则就判处死刑。然而，高莫斯并没有把他的话当真——继续航行面临的危险让他不寒而栗，甚至超过了对麦哲伦发出的死亡威胁和叛逆者将被五马分尸的恐惧。他决定带着自己的船逃离船队。在侦测东南方向的通道期间，梅斯基塔指挥的“圣安东尼奥”号便已经向塞拉诺的“康塞普森”号暴露了明显的逃跑迹象。当时塞拉诺还不知道发生了什么，但作为船队指挥官的表哥，梅斯基塔不可能背叛麦哲伦，他猜想“圣安东尼奥”号的领航员可能已成功地发动了反抗麦哲伦的叛乱。
麦哲伦只能眼睁睁地看着自己的那艘最大的船只以及船上的大批食物驶回西班牙。他现在只剩3艘船了，而且原本就很糟糕的粮食补给状况，现在更加恶化了。但他仍然没有考虑要改变航线。11月21日，“在南纬53度的伊斯里奥河（Río del Isleo）河口、托多斯·洛斯·桑托斯海峡”，麦哲伦作为船队指挥官，作出一个“重要决定”——继续航行。
航行到第三天的时候，他的决心更加强了，因为之前派出去的另外一艘小艇回来了，还带回了一个激动人心的消息：巴尔博亚所说的“南海”已经找到了。他匆忙赶到那里，眼前是一片一望无际、深不见底、神秘莫测的蓝色大海。这是哥伦布、平松、卡波特和韦斯普奇穷尽一生都在苦苦寻找的地方。它平静的外表让他想起为它取个名字，而且应该要与“平静”有关，尽管名字是后来才取的。一开始，他激动得说不出话来了。这也许是他长大成人后第一次这样，他积攒已久的情绪，终于爆发出来。唐·安东尼奥（Don Antonio）写道：“指挥官（麦哲伦）激动得哭了。”
这支船队在太平洋——地球上面积最大的海洋——行驶了12600英里，这是历史上一个伟大的传奇。就像其他许许多多的传奇一样，它也是人类受苦受难的故事，是被逼到绝境的人忍受常人无法忍受的痛苦的故事。没有地图，没有充足的导航工具，更不知道他们自己身处何地，就这样，他们一直航行了3个多月，从11月一直到次年的3月，他们凭借着破损的桅帆，冒着炎炎烈日向西北方向航行。
麦哲伦看到太平洋的第一眼。
即使在航海大发现时代，麦哲伦的情况也是绝无仅有的。以前的探索者们知道，如果一切都失败了，他们总能回到欧洲。但是，麦哲伦已经没有这个选择了。因为当时的他对南美洲并不了解——他驶入的那个海湾，之前从未有人到达过——他也没有可以靠岸的基地。一旦驶离了东边的海岸，他就只能向前继续航行。
这幅具有历史意义的地图被称作马里斯太平洋海图（Maris Pacfici），由16世纪著名的佛兰芒人亚伯拉罕·奥特柳斯（Abraham Ortelius）创作于1589年。当时人们对太平洋的了解还知之甚少，这幅图是太平洋海图最早的印刷版本。为了彰显麦哲伦的功绩，“维多利亚”号被明显地画在了南美洲西海岸的位置。奥特柳斯画笔下的太平洋显然比实际要小很多，但却从此揭开了人类探索地球上最大海洋的序幕。
他没办法知道太平洋的广阔。他所掌握的任何信息都大大低估了太平洋的宽度。欧洲人相信托密勒所谓存在一个未知南方大陆在支撑世界，它是平衡球形世界的关键，没有它世界就会倒塌的说法。麦哲伦所有行动依据都是建立在这些假说之上的。可实际上，这些假说都是错的。如果麦哲伦知道他要航行的实际距离，他一定会对此表示质疑。在欧洲，没有人想过会有如此宽广的海洋存在。似乎他所有信息的来源——地图绘制员、天文学家和地质学家——都联合起来背叛了他。当时被认为可靠的夏纳尔地球仪，将日本标在了墨西哥以西几百里格处。事实上，麦哲伦看过或听过的所有情报都告诉他，航行后不久就能够找到日本。然而他在地球上最浩瀚的海洋上迷失了方向，这个人迹罕至的大海是如此广阔，以至于就是把地球上的陆地都搬移进来，海面依然还会那么宽广。
这支远航船队在离开圣路卡前带了420桶酒，现在所有的酒都被喝光了。随后越来越多的食物被吃光——奶酪，鱼干，咸猪肉，大豆，豌豆，凤尾鱼，谷物，洋葱，葡萄干，小扁豆——最后他们只剩下一桶桶令人作呕的臭水，以及一些饼干。这些饼干被碾成了灰色的粉末，里面混杂了黏糊糊的老鼠屎和蛆虫。这些东西与木屑相混合，就像一堆恶心的垃圾，人们只能捏着鼻子吞下去。甚至连老鼠也成了抢手货，每只老鼠价值半个金币，因为它们可以被烤来充饥。船队指挥官曾经告诫过，他们最后可能会不得不吃皮革，后来这种情况果然发生了。安东尼奥·皮加费塔写道，船员们的胃已经被完全掏空了，这些“饿得发晕的伙计们”不得不去啃覆盖在桅杆上面的兽皮。他解释道：“因为这些被扒下来的皮革都经过‘风吹雨打日晒’而硬化了，所以我们必须先将它们放到甲板上四五天使其软化，然后再在火上把它们烤了吃。”
太平洋的风平浪静使船员们感到抓狂。然而正如唐·安东尼奥认为的那样，这样的太平洋也拯救了他们：“要不是圣母和上帝赐予了这么好的天气，人们早就死在这茫茫的大海中了。”但还是有一些人死去，19名因饥饿而死的水手被扔进大洋。而活下来的人都瘦得两颊凹陷，形容枯槁，并且皮肤溃疡，腹部因为水肿而膨胀。坏血病让他们牙龈肿胀，牙齿脱落，疼痛在口腔内蔓延，吞咽食物也变得越来越困难，最后完全不能吞咽。因为身体太过虚弱，许多人站都站不起来，只能在甲板上爬行，或蜷缩在角落里。即使那些能够站起来的人也只能拄着拐杖行走，虽然只有20岁，但看上去却像是老年人。
他们没见到任何其他船只的踪影，事实上，在他们离开圣胡利安湾后的6个月时间里，就再也没碰见任何人。当他们饱受折磨，在半途看见岛屿的时候，他们再次误认为那就是他们所要寻找的地方，然而这些岛屿最后都被证明是无人岛，也没有地方让他们可以靠岸。最后，在1521年3月6日，正当他们中间最坚强的人都要对生活失去希望时，他们终于真正地着陆了。这个岛屿位于马里亚纳群岛的关岛海域。在这座无名岛上生活的密克罗尼西亚人对他们充满敌视——也许是被那3艘破船上散发出的臭味熏到而对其疏远。不管怎样，关岛总算让他们得到了暂时的解救。当这些岛民偷走了船队的一艘小帆船后，麦哲伦派了40名士兵将小船夺了回来。他们再次回到了船队，更重要的是，带回了新鲜水、鱼、水果、家禽和肉类。
经过3天的休整，他们重新启程。3月16日，“特立尼达”号、“康塞普森”号以及“维多利亚”号在今天的莱特湾（Ceyte Gulf）看到了菲律宾萨马岛（Island of Samar），在它的南边是苏禄群岛（Suluan）和洪蒙洪岛（Homonhon）。据皮加费塔的记载，麦哲伦认为他已经找到了摩鹿加群岛，但这是不可信的——麦哲伦是一名经验丰富的航海员，对大洋洲十分了解，所以他不会混淆南北纬。香料群岛在1000多英里之外。最可能消除唐·安东尼奥内心不安的是，船队指挥官意识到了要将摩鹿加群岛从葡萄牙那里夺过来是不可能的，所以他决定转而求其次，将这个群岛变为西班牙领土。他宣布这座岛屿以及岛上所有的人和牲畜都属于他的国王， 即卡斯蒂利亚和阿拉贡国王 注88 。
热情的土著居民给麦哲伦船队送去了粮食、水果和蔬菜。
他选择在洪蒙恩岛登陆是因为这个岛屿看上去几乎没人居住，他的手下已经很虚弱了，不能再应对任何不友好的行为了。但是有一些当地土著十分热情，从苏禄群岛送来了大量的橘子、棕榈酒、家禽、蔬菜以及两种欧洲人从没见过但十分有营养的食物：香蕉和椰子。当船队指挥官送给他们方围巾、钟表、黄铜、手镯、绚丽的红帽子以及五彩玻璃珠作为回赠时，他们都非常喜欢。
在人们休息放松时，船队指挥官想起了过去被“冤枉”的事。塞维利亚港口的官员们曾嘲笑他的货物清单中有这么多花哨的物品。而实际上，巴利亚多里德枢密院在发现麦哲伦的货物单中有如此多的物品（包括1000多把镜子，50把剪刀以及2万个口哨等小物品）时，甚至对是否支持这次探险开始犹豫不决。但麦哲伦解释了与一个陌生的民族建立友好关系时可能会遇到的困难，他在东方国家的经历告诉他，这些花哨的小物品能让彼此更容易建立起良好的关系。他一再炫耀自己对这些岛屿的了解——甚至展示他在马来亚的奴隶恩里克——枢密院最终相信了他的辩解，但是码头上那些装腔作势的达官贵人们却对他怀恨在心。
奴隶恩里克仍然和他在一起，在当了麦哲伦3年忠心耿耿、有权有势的奴仆后，他出乎意料地送给了主人一份宝贵的礼物。3月25日，他们到达菲律宾后的第二个星期，这支探险队转移到了与利马萨瓦岛（Island of Limasawa）相邻的岛屿。他们到了米沙鄢群岛（Visayan Islands），这个群岛是菲律宾群岛的一部分，与苏门答腊岛以及马来亚半岛都有着文化和语言上的联系。他们刚一登上岛屿，麦哲伦就听到了一阵阵欢呼声，顺着吵闹声走过去，他发现他的仆人被一群兴高采烈的土著包围着。很快他便弄明白了事情的原委。原来恩里克就出生在米沙鄢群岛，后来成了奴隶被卖到了苏门答腊岛，再被送往马六甲，麦哲伦就是在那里买到他的。自从1512年离开马来亚半岛后，他已经陪他主人去过印度、非洲、葡萄牙、西班牙这些地方，并且在18个月前加入了这次航行。他对语言十分有天赋，葡萄牙语和西班牙语都说得很流利。在利马萨瓦岛，他第一次听到有人说他自孩童时期便会的母语，所以便加入到与他们的交谈中，那里的人们像欢迎自己人一样欢迎他。
这次偶然事件意义重大。恩里克只是高兴地用马来亚语与当地人交谈，但麦哲伦简直是欣喜若狂。他们都回到或将回到熟悉的地方，也就是说，如果一直向西航行，他们会回到他们第一次认识的地方。很显然，恩里克才是世界上第一位完成地球环行的航海家。在完成了这次全球航行后，这支探险队也第一次以实际行动证明了地球是圆的。
在基督教世界，这一天是复活节，即圣周。圣胡利安湾叛乱已经过去整整一年了。传说中的通道也已经找到了，通过它穿越大海，实现了环球航行。麦哲伦和他的伙伴们都十分高兴，激动不已，似乎重获新生，这是可以理解的，但也是不祥的——之所以不详，是因为其他人与麦哲伦的庆祝方式完全不一样，甚至是互相冲突的。4月7日，当麦哲伦花了3天时间带领船队来到位于莱特岛（Island of Leyte）和内格罗斯岛（Island of Negros）之间的宿雾岛（Island of Cebu）时，他们在航行中发生了冲突。指挥官和船员之间的碰撞以戏剧性的冲突开始，最后以悲剧结束。
那时的水手们以古老的方式表达他们侥幸逃脱死亡的欢乐。他们大都很年轻，经过2个星期的休息和正常饮食后，他们感觉自己获得了重生。自从1519年末，也即15个月前离开巴西时，他们就再也没有碰过女人了。即使宿雾岛的女孩子们都用长罩衣裹得严严实实，这些水手们的纪律也能被欲望打败。事实上，当地的传统是只有结了婚的女人才能穿衣服。这群年轻人之前生活在一个将裸体视为不雅的社会，现在突然被一群裸体的性感少女包围，顿时春心萌动。两性的接触带来了巨大的诱惑，而浓密的雨林又给他们提供了机会，最后造成了纵情狂欢这一结果。这些男人都变得狂野起来。后来他们谈到，菲律宾少女都很喜欢白人，因为他们比当地的男孩更有情调也更强壮。当然，这也是他们事后说的。到目前为止，还没有迹象表明他们的行为受到抵制。很显然这两种文化的相遇引起了性观念的冲突。作为基督教徒，这些船员一直受到罪恶感的压抑，这种压抑增强了他们对性欲的渴望，而那些没有罪恶感、天真无邪的女孩们却很享受这种在这方面的堕落，当然她们也非常喜欢那些礼物：镜子、手镯和小刀。
所有这一切都是预料之中的。麦哲伦应该早点立规矩禁止这样做。但是后立的规矩也并没能约束他们，尤其是在这样的环境下。麦哲伦处于一个非常被动的位置，他需要一个严守纪律的人，然而在这个危机时刻却没人能担此重任。他尝试了一些补救措施。在他的命令下，牧师佩德罗·德·瓦尔德拉玛（Pedro de Valderrama）宣布与异教徒的女性发生关系是死罪。不幸的是这个命令所带来的后果仅仅是一场无礼闹剧。在与这些女孩发生关系前，船员们会先给她们洗礼，这样做便亵渎了这个神圣的仪式，并且将牧师的威胁视为一个玩笑。当然，那些菲律宾男人并不觉得这很有趣，他们的自尊心受到了伤害。随着这种骄奢淫逸的继续，土著父亲兄弟们认为他们的热情被利用了，尤其是那些已婚男子。在灌木丛里与船员们一起寻欢作乐的女人不仅有未婚少女，还有不少已婚妇女。一些船员已经对那些妇女失去了自控力，而那些妇女也很感激他们送的镜子手镯等礼物。状况越来越不稳定，且愈演愈烈，更是造成了一些威胁。
虽然发泄自己的欲望是这些船员犯下的最臭名远扬的事，但远不止这一宗。船队的其他规矩也被船长和船员们公然藐视。事实上最大的犯罪者是船队指挥官的小舅子。入秋以来，麦哲伦最信任的是“维多利亚”号船长杜尔特·巴博萨和“康塞普森”号船长胡安·塞拉诺。所有船员都被禁止私自与当地人进行私人交易，但是还是有一些船长，例如“维多利亚”号的船长偷偷地用铁与当地人交换黄金和珍珠。铁对于这个岛上的人来说是十分新奇也是很有用处的东西，而黄金和珍珠对他们来说却很普通也毫无用处，他们那时根本不知道黄金和珍珠的价值。巴博萨还犯了酗酒罪，并且未经许可就擅自离队。尤其是他的好色，即使在那群放荡不羁的人中也是出了名的。在这个关键时刻，麦哲伦还在想着其他事情。但是当他的小舅子在大吃大喝3天后被士兵绑回到船上的时候，这个船队指挥官也不得不采取措施了。巴博萨被逮捕了，他被铐上了手铐，降职，被解除了船长一职。
如果船队指挥官早就采取这样的措施，严肃整顿纪律，他也许能在这次航行中幸存下来，并享受胜利果实。然而在当时他也沉浸在喜悦之中，有些得意忘形、忘乎所以。当他的船员都沉湎于纵情欢乐时，他正在尝试另一个探索。自从来到菲律宾群岛后，他就对宗教十分狂热，但并不是百分之百的虔诚。正如4个世纪后到世界各地的传教士一样，他已经将对宗教的热情与对帝国主义的狂热混淆了。甚至当他劝说菲律宾人信基督教的时候，他也希望他们能臣服于西班牙。他需要的是绝对的忠诚和绝对的信仰——对他而言，这是一次带着耶稣受难像和旗帜的“十字军东征”。
3月31日是复活节，也是他们在利马萨瓦岛的第一个星期天，虔诚的麦哲伦相信这是上帝为他提供的一个机会。于是他紧紧抓住了这次机会，带着具有神圣色彩的手镯、珠子——一场绚烂的弥撒——向利马萨瓦岛的主人传播宗教。他要求牧师瓦尔德拉玛发挥自己的天赋来庆祝这次宗教仪式，并命令其他人提供任何可能的帮助。这位船队指挥官想要一场表演，他如愿以偿了。祭坛设在岸上，发光的十字架固定在上面。祭司穿上祭衣主持复活节仪式，船队指挥官和船员们一一登上祭坛，亲吻耶稣十字受难像。当岛民们靠近时，炮兵们在船上齐发炮弹，所有人都拍手叫好。
那天早晨船队来了两位客人——克拉姆布酋长（Rajah Colambu）和他的弟弟西阿努伊（Siaui）。克拉姆布统治着棉兰老岛，其统治范围还包括苏禄群岛。麦哲伦已经开始留意有影响力的酋长——一旦他们接受基督教，就可以以国王名义统治，直到西班牙任命的官员到来。复活节精彩的表演让麦哲伦达到了他的目的。在瓦尔德拉玛主持完弥撒仪式后，这两位尊贵的客人跪在祭坛前，模仿他们之前受洗者的动作。根据当时的记载，他们命令当地的木匠制作了一个很大的十字架，立在最高的山顶上让岛民们可以看见并且膜拜。在他们离开前，麦哲伦告诉这对兄弟，如果这里发生了异教徒与原住民的战争，他的士兵和船队都交给他们调遣。如果人数还不够的话，他会再从西班牙带一支舰队过来。
在宿雾岛他见到了一位更有权势的人物——酋长达图·胡马邦（Datu Humabon）。这位酋长的随从包括一位不久前从暹罗来的穆斯林商人，他认出了船队上面的圣詹姆斯十字架，于是小声说这些游客是印度和马来亚半岛的海盗。胡马邦没有听从他的告诫，他一见面就热情招待麦哲伦，借助恩里克的翻译，很快就同意了永远和西班牙保持友好关系。在麦哲伦的强迫下，他也同意焚毁异教徒圣象，把耶稣当作神和救赎者一样崇拜。麦哲伦再次充当了这个活动的组织者和领导者。酋长改信基督教的入教仪式在复活节后的第二个星期天举行，这次仪式比在利马萨瓦岛那次的更加盛大且隆重。胡马邦的子民们密密麻麻地围在一个集市的广场上，在这个广场中间设有一座被棕榈枝装饰、高大肃穆的祭坛。在祭坛后面，一个大棚下方是两个缠绕着红色和紫色绸缎的宝座，胡马邦坐在其中一个宝座上面，另外一个宝座上坐着的则是麦哲伦。
1521年4月，麦哲伦在宿务岛为酋长达图·胡马邦及其几百名追随者举行了受洗仪式，在此期间，一个巨大的十字架被竖立起来。现在在宿务有一个小教堂，当年的十字架还在，不过用一个空心外框将其包裹在了里面。教堂穹顶的壁画描绘了当时当地民众皈依基督教的场景。
麦哲伦导演了一场声势浩大的入城仪式。他穿着整洁的白色长袍，后面跟着40名穿戴闪亮盔甲的士兵，举着卡斯蒂利亚和阿拉贡王旗，这是王旗自从20个月前在塞维利亚圣玛利亚教堂亮相后第一次被展示。当乐队演奏进行曲的时候，船队的头目们站在船队指挥官身后。西班牙人都低下了头，一个巨大的十字架竖立在台上，船队的大炮在港口发出轰鸣声。不过这差点就打断了仪式。当地教徒是第一次听到炮声，急忙恐慌地四处逃离，但是当他们看见自己的首领——他已经事先被告知了——仍然保持镇定时，又都回到了原地。
酋长跪下来接受洗礼，麦哲伦作为他的神父为他重新取名为唐·卡洛斯（Don Carlos）。他的继承人、兄弟，以及当利马萨瓦国王的侄子都在他之后接受了洗礼；就连那个穆斯林的商人也不得不接受了洗礼。他们分别取名为赫尔南多、胡安、米格尔和克里斯托巴尔。前面这些都只是形式上的流程，然而接下来出现的一些礼仪则让欧洲的天主教徒和其他人都目瞪口呆。按规定，所有基督教信徒都必须遵守一夫一妻制，至少要在口头上这样承诺。然而，胡马邦拒绝这样做。胡马邦既想拯救自己的灵魂，又不愿抛弃众妻妾。在漫长的协商后，麦哲伦成功解决了这一问题，要知道，类似的问题，亨利八世的特使在上诉教皇克莱门特七世过程中就落败了。神父佩德罗·瓦尔德拉玛被说服放过酋长的这一癖好。因而那些习惯穿花哨衣服、擦口红、涂指甲的女人（一共有40个）都被一一赐予了西班牙名字，例如胡安娜、卡塔里娜、胡安妮塔以及伊莎贝拉。胡马邦最宠爱的女人——取了与患精神病的西班牙王太后同名的名字：丹娜·胡安娜（Doña Johanna）——获得特别关照，而且由于她比别人的等级高，所以麦哲伦还送了她一个圣母玛利亚及圣婴的木雕像。随后观众也被邀请接受基督教洗礼。
然而当日只有几百人前来观看，但到了第二个周末，几乎每一个宿雾岛居民——根据船队的船员所说，共有2200人——都选择信仰基督教。这种大量的信仰转变对麦哲伦来说是一个伟大胜利。这也是关于宗教狂热的一个显著例子，像他这样的宗教狂热分子也许被赋予了超自然能力。在户外接受过洗礼后，胡马邦将他带入屋内，并告诉他，岛上的统治家族里有个成员很想接受洗礼，但由于重病未能参加，实际上他已经快死了。船队指挥官找到了那个重病患者，按唐·安东尼奥的话来说，那个人已经“不能动弹也不能说话了”。麦哲伦还注意到别的一些事情：照顾这个痛苦男人的女人也在为他祈祷，但是是以异教徒的身份进行祈祷的，因此激怒了他们刚刚抛弃异教神的酋长。身兼船队指挥官和传道者身份的麦哲伦也感到十分震惊和愤怒，他谴责了这些异教徒护理人员，把她们赶了出去，最后他决定依靠信仰来治疗这位病人。在胡马邦的见证下，他发誓要证明基督教信仰可以治愈任何疾病。在对那个病人、病人的妻子以及他的10个孩子进行洗礼后，他问那个男人感觉怎么样。奇迹出现了，他竟然有力气说话了，断断续续地回答道自己感觉还不错。随后麦哲伦将他浸泡在养生用的牛奶和草药里，不到5天时间，这个原本已经被放弃的男人竟然又可以四处活动了。
这件事在菲律宾人以及船队头目中引起了很大的反响，不过他们双方的看法不同。当地居民开始很乐意地皈依基督教，而那些头目们则感到十分担心。慢慢地，船队指挥官对宗教的狂热让他们感到困扰。他们认为自己很虔诚，但是他们也知道智慧的上帝并不会关照那些一直创造奇迹的人。大家都熟知或听说过至少一个让公众失望和不耻的传道士。他们想到如果船队指挥官的病人在他的眼皮底下倒下或者死了，那会发生什么，一想到这些，他们就不寒而栗。而且他们将麦哲伦对当地人的无私和宽容视为愚蠢，这与指导早期探险者们建立殖民统治的伊比利亚学派形成了鲜明的对比。如果这次探险是由科迪斯或由冷酷无情的达·伽马带领，那菲律宾人就会成为不信奉基督教的奴隶了。然而不是麦哲伦的所有头目都持这种观点，也没有人要当面责备他，但是所有人都认为在宿雾岛已经停留了3星期，是时候起航了。
在船队指挥官发起的船队指挥会议上，他们提议应立即起航。没有人提到因为船员的好色，当地人对他们越来越充满敌意。相反的，他们只是提出了他们的理由，然后选出一个最擅长演说的代表去阐述。塞拉诺现在是船队的资深船长，他指出他们这次航行的目的不是建立殖民地或传道，而是探索从西边去香料群岛的路线。这才是他们唯一的使命。实际上，国王的命令里明确规定不能违背这一使命。其他人也纷纷发言。在最后一次会议上，他们回想起麦哲伦曾经在这里表示，要尽可能地详细描述这个群岛。现在他们已经完全了解宿雾岛，没有理由再继续停留下去，是时候出发了。
但麦哲伦再次表示反对。在与菲律宾人接触后，他认为让他们忠于西班牙是他的责任。对他而言，胡马邦不再仅仅是一个地方酋长了，他是一位基督教国王唐·卡洛斯。更让与会者不安的是，麦哲伦透露已经给了唐·卡洛斯一些保证。实际上，是在重复对克拉姆布和西阿努伊的承诺，即胡马邦的敌人也是西班牙的敌人；任何拒绝承认他权力——或基督教神圣性——的人都会被杀，并被没收财产。
他还告诉处于惊讶中的与会者，这样的敌人是存在的。这个敌人的名字叫拉普拉普（Lapulapu），他是附近的小岛麦克坦（Mactan）的酋长。历史上，麦克坦一直归宿雾岛酋长统治，但是拉普拉普是一个脾气暴躁的反叛者。他对西班牙船队充满敌视，最近甚至拒绝给这些远道而来的客人提供食物。麦哲伦将对这种拒绝的回应视为一次炫耀实力的大好机会。他想建立一支海上报复分队，组织士兵给这个反叛者一个教训，并且由自己亲自来领导。
麦哲伦认为，接受洗礼的胡马邦已经变成为基督教国王唐·卡洛斯，是西班牙的同盟者，他的敌人就是西班牙人的敌人。这是一幅19世纪的插画，描绘了胡马邦接受洗礼的场景。
他的头目们对此都感到很惶恐。西班牙国王特意交代船队指挥官必须与船队时刻一起，远离所有其他岸上势力。事实上，不论是西班牙还是葡萄牙政府，他们制定的最基本规则之一，就是探险队的指挥官不能冒风险去参加任何危险的行动。杜亚特·巴博萨提醒了他的姐夫，胡安·迪亚斯·德·索利斯就因为违反这个规则，在拉普拉塔河丢掉了性命。麦哲伦对他的警告置之不理。自从麦哲伦作为信仰治愈师首次成功亮相后，他越发觉得自己是不可战胜的。他告诉与会者，在接下来的战斗中，他会依靠耶稣以及女庇护人圣母的支持。有了他们的支持，他是绝对不会失败的。
在1521年的4月末，在这场完全没有必要的战斗的前夕，麦哲伦像变了一个人似的。他从来没有这么鲁莽、轻率、粗心过，也把自己在东非、印度、摩洛哥、马来亚学到的军事策略忘得一干二净。但当时他并不是一名基督教士兵。而现在有了上帝的庇护，他十分蔑视那些在军事行动前应做的预防措施。他同时向西班牙人和菲律宾人宣布，他将在4月27日，星期六，向麦克坦发起进攻——他相信这一天是他的幸运日——他还邀请宿雾岛居民前来观看。在进攻前，那些专业的士兵们开始侦察地形和潮汐，以防要进行水陆作战。然而由于他对所学的都已经不屑，所以完全没有注意到麦克坦的暗礁，这些暗礁在退潮时——麦哲伦选择的进攻开始时间——会阻止海上船只为他们提供火力掩护。士兵们希望得到盟军的支援，酋长表示愿意提供1000名精兵，鲁麦王子建议自己率领一支队伍绕到敌人后面登陆进攻，而与拉普拉普不和的祖拉酋长也主动请缨，在西班牙人登陆时，自己愿率领手下从侧翼进攻敌人，但这些建议都被麦哲伦高傲地拒绝了。他要求他们以及所有皈依基督教的酋长在菲律宾木舟上观看这场战斗就行了。他说他不需要任何帮助，他的士兵一定会独自打赢这场战斗。
麦哲伦的战略并非没有先例可循。萨缪尔·艾略特·莫里森（Samuel Eliot Morison）指出过：“绝大多数入侵非洲和美洲的欧洲人都认为要与当地最近的部落联盟，就必须要有效部署火炮去对付周围敌人。”尚普兰（Champlain）攻打加拿大、科迪斯攻打墨西哥、英格兰攻打卡罗莱纳，以及葡萄牙攻打印度和非洲的战争都胜利了，因为他们都采用了分散的军事战略。但是麦哲伦虽然手中掌握着大好形势，可他的做法是十分愚蠢的。
如果他选对了作战对象，有足够兵力，而且战略运用得当的话，也许会成功。尽管麦哲伦面对的敌军人数大约有1500到2000人，但他们都是一些没有受过训练、惊恐万分的暴民，装备也只有最原始的武器。这些人原本可以被由船队的卫队长贡萨洛·戈麦斯·埃斯皮诺萨率领的150名装备良好、使用弩以及火枪的西班牙士兵轻易击败。科迪斯和弗朗西斯科·皮萨罗（Francisco Pizarro）曾面对同样数倍于己的墨西哥人和秘鲁人敌人，击败了他们，但麦哲伦拒绝采用常规作战方法。他将作战人数限制在60人，因为他想让菲律宾人看看他的基督教士兵是如何战胜强大的敌人的。而且他只想从每条船挑选20名志愿者。这就意味着他的队伍里强健的水手都会被留在船上。根据唐·安东尼奥记载，麦哲伦的队伍是清一色的杂牌军，由毫无战斗经验的厨师、船员、船舱服务员等组成——这些人根本就不适合这次任务，且对武器也不熟悉，以至于连盔甲都穿不好，而这本该是他们在战斗中的重要优势；给他们发了胸衣盔甲，却没有给他们发——这才是起决定性作用的——护胫盔甲。船队指挥官成了他们唯一的军官。当然这也是他一意孤行所造成的。因为所有管理团队成员都反对他的计划，麦哲伦就把他们全部排除在外。
对拉普拉普的羞辱也导致了他的失败。麦哲伦决定给他最后一次机会。星期五后半夜，这些志愿兵们准备于此时上船登岸——他们没有经过任何训练、演习，甚至没有军官同行——他们的船队指挥官向岸上发出了最后通牒，他选了他的奴隶恩里克以及穆斯林暹罗商人（现在他的名字是克里斯托巴尔）作为使者。叛军首领被告知如果他承认宿雾岛酋长为“基督教国王”，接受西班牙国王的统治，并向船队指挥官致敬的话，就可以获得赦免；如果他继续反抗的话，他将会尝到西班牙长矛的厉害。拉普拉普对这些条件嗤之以鼻，他愤怒地回复了麦哲伦，讥讽地说自己的军队也装备了长矛，而且是用最好的竹子制作而成的，并装有坚硬而锋利的矛头。在信的最后，他还不忘嘲讽这帮西班牙人。这个小酋长补充道，如果西班牙士兵能将这场战斗拖延到第二天早晨的话他将十分感激，因为他的军队在那时会更强大。麦哲伦对此的反应实际上反而帮助了他们，因为他高估了对手的智商，认为这个请求是想诱使他在晚上发动攻击，于是麦哲伦推迟了作战计划。当然这和他的最终失败关系不大。这个只有60个人的登陆部队还是在黑暗中到达了。短暂划行后，这3条小船在天亮前搁浅了3个小时。
他们并没有上岸，当第二天（星期六）太阳升起、海水退潮后，他们发现船已经在暗礁上搁浅，此时距离海岸仍然很远。麦哲伦意识到这些小船根本不可能穿过礁石，于是留下11个人在船上用大炮瞄准岸上。随后率领其余队员下水，向岸上发起冲锋。皮加费塔写道，当时许多人都劝他不要亲自带队，“但是他就像一个善良的牧羊人一样，不肯抛弃他的羊群”。
士兵们拖着笨重的盔甲在齐腰的海水中缓慢前行。其中一些战斗经验相对丰富的士兵突然意识到他们根本没有任何掩护，因为暗礁离这儿太远了，小船上的炮根本打不到敌人。船队上的大炮倒是可以覆盖到敌人，但巴博萨和塞拉诺因为没能参加这次行动，现在正在甲板上生闷气，而且船队指挥官也没办法联系到他们。
在带着所有的进攻装备艰难行进后，水手们已经显得十分疲惫，甚至比登陆前还要累。他们除了疲惫，还感到困惑不解。因为他们所面对的是3支赤手空拳的军队，而且没有像他们预想的那样部署在岸边，而是在内陆。根据皮加费塔的描述，拉普拉普采用了非常简单的战术，他把军队部署在三角形战壕后面，形成了一个新月形的包围圈来打击入侵者。他和他的护卫驻扎在新月形最深处，那里在西班牙人的炮火范围之外。如果想要擒住他，就必须带领军队进行追击。麦哲伦的经验告诉他，必须尽快谨慎地撤军，但是毕竟他曾经夸下过海口，撤军会让他颜面扫地。所以他还是下令开火了。这些受过长矛和弓箭训练的船员们表示他们将全力以赴，但是他们却胡乱发射，什么也没打到。没有一发炮弹、子弹和箭头伤到小酋长，子弹和箭头都打在了敌人的木制盾牌上。根据一直与麦哲伦一起战斗的皮加费塔描述，一开始岛上的防御者听到枪声就往后撤，但这种撤退是短暂的。用安东尼奥的话说，麦哲伦“想为后面的战斗留下足够弹药”，于是大喊道“快停火”，“但是没有人理会他的命令。当岛上的人意识到对方的炮火没有一点杀伤力的时候，他们停止了撤退。他们喊声越来越大，从四面八方赶来，一边拿着盾牌前进，一边不断用弓箭、标枪……石头甚至污秽物来攻击我们，我们根本没办法保护自己。一些敌人开始用长矛攻击我们的指挥官”。
在麦克坦岛之战中，麦哲伦悲剧性地遭遇了自己的滑铁卢。这是1626年出版的一幅地图，上面描绘了麦克坦岛之战。
登陆的士兵们不断前进，直到麦哲伦意识到这是敌人的一个陷阱。为了恐吓这些敌人，麦哲伦派遣了一小队人马去放火烧掉附近的一个村庄。安东尼奥写道：“这增加了敌人的愤怒。”实际上情况比这还要糟糕。这一小队人马被截断了，尽管他们有盔甲保护，但是包括塞诺拉的女婿在内的所有人都被刺死了。船队指挥官终于开始警惕，下令所有人撤回到小船上。他运用了十分巧妙的撤退方法：将他的人马分为两拨，一半在海湾抵抗那些持长矛的敌兵，另一半越过壕沟。一切都进展顺利，直到穿越最后一条壕沟时，遇到了一个障碍物，被困在那里。拉普拉普看到了胜利的曙光，他将自己的兵力分散开，从西班牙士兵的两侧追击，试图在他们回到船上之前截住他们。
这个时候，麦哲伦开始为他把大部队留在船队的决定付出惨重的代价了。士兵们四处逃命，有将近40个人冲向大海。他们艰难地穿过珊瑚礁，回到船上，畏缩在那里，留下他们的指挥官被团团包围，战斗到最后一刻。他身边还有一群忠于他的手下：安东尼奥和其余几名士兵。这场战斗持续了一个多小时，场面混乱血腥，但是有许多观看的观众：宿雾岛的酋长、鲁麦王子、祖拉酋长、受洗过的其他酋长，以及船上那些还没有从惊恐中缓过神的士兵。那些刚归顺基督教的菲律宾人正等着圣玛利亚、圣徒、胜利女神以及耶稣等的出手相助，但是没有出现。费迪南德·麦哲伦，这个圣地亚哥勋章获得者、西班牙基督教国王的使者，没有看到奇迹的到来。最后，一些新的基督徒、宿雾岛上的士兵再也无法袖手旁观了，于是赶去麦克坦救他们的神父。就在他们登陆时，停在海上的西班牙船队发射了一枚炮弹。于是在卡斯蒂利亚人视为幸运日的星期六，有4个赶去救援的人被炮弹击中身亡，其余人也被冲散。
但是要杀死船队指挥官也花费了很大力气。一支毒箭射中了他裸露的右脚，他把箭拔了出来继续作战。皮加费塔写道，麦哲伦和他的战友们被包围在水深及膝的海水中，受到石块、弓箭和标枪的攻击——当地人会拾起同一根标枪攻击五六次。有两次麦哲伦的头盔被击中打落，幸亏被他的士兵找回重新戴上。最后他的脸被刺中，喷涌而出的鲜血挡住了他的半只眼睛。他用长矛刺中一个敌人，但是对方身体掉落下的重量让他无法把长矛拔出。赤手空拳的他想拔出佩剑，却发现无法拔出，原来他右臂肌肉受了伤，无法发力。拉普拉普的士兵看到他孤立无援，逐渐向他逼近。麦哲伦身边只剩下4个人了，他们试图用圆盾罩住他，但是一个土著人挥舞着弯刀，向圆盾下面砍去，砍中了麦哲伦的右腿。麦哲伦掉入海中，血流不止的皮加费塔看见12个土著人“用铁制和竹制的长矛刺穿了麦哲伦的身体，直到他们杀死了我们的明镜，我们的阳光和安慰，我们的向导”。唐·安东尼奥、恩里克和其他的两个人顺利逃脱。安东尼奥写道：“我们眼睁睁地看着他死去，随后竭尽全力地回到已经开动的船上。”
这幅19世纪的版画描绘了麦哲伦最后的生死关头：几名拉普拉普的战士将人单势孤的麦哲伦包围，正如皮加费塔所描写的那样，他们“用铁制和竹制的长矛刺穿了麦哲伦的身体，直到他们杀死了我们的明镜，我们的阳光和安慰，我们的向导”。
麦哲伦连完整的遗体都没留下。那天下午，悲伤的酋长想要赎回他的遗体，给麦克坦岛获胜的首领带去价格不菲的铜和铁作为赎金。拉普拉普非常高兴，他一生都没有见过那么多的财富。然而，他没有办法交出尸体，因为连他自己也找不到。在宿雾岛使者的陪同下，他和他的手下一起仔细搜寻麦哲伦死去的海域。战场上散落着弓箭、丢弃的长矛、盔甲的碎片，尸横遍野，这已经是全部东西了。人们没有找到任何与麦哲伦相关的东西。没有碎肉、器官或骨头碎片。唯一可能的解释是——尽管听上去令人毛骨悚然——凶残的敌人杀红了眼，直接将他撕碎，让海水冲走了他的血液。由于在幸存下来的探险者回到西班牙之前，麦哲伦的妻子和孩子已在塞利亚维过世，似乎所有关于费迪南德·麦哲伦在这个世界上存在过的证据都统统消失了。
但这当然是不可能的。虽然他的生命终结了，但是他的航行还没有结束。可以肯定的是，船队在风雨飘摇中度过了接下来的几天。西班牙人头上的荣耀光环消失了，如同他们的船队指挥官一样。那些抛弃他们指挥官逃回船队的士兵，他们的可耻行为在菲律宾人心目中留下了不好的印象，但是他们失去光环还有另外的原因。就在麦哲伦的葬礼结束后，一些好色的船员们依旧对船队的损失无动于衷，继续与菲律宾的女子追欢取乐，导致当地人对他们越来越厌恶。很久以后，当这支船队的一名热那亚船员在被问及为什么菲律宾的米沙鄢人会对他们这么反感时，他说：“最大的问题在于他们侵犯了当地的女人。”
他们能够感觉到当地居民对他们的日益反感。宿雾岛的首领恢复了以往的异教信仰和狡诈。在这场悲惨而又毫无意义的战斗之后的星期四，他恢复了自己原来胡马邦的名字，并向船队送了一封信，邀请29名西班牙人——最优秀的指挥员和经验丰富的领航员——在海边和他一起进餐。唐·安东尼奥拒绝赴宴，根据他的记载，还有另外两个人产生怀疑，中途逃离了宴会回到了船上，因此他们活了下来。其余的人，包括杜亚特·巴博萨以及塞拉诺，都被残忍杀害。船员们恐惧万分。他们登上了“特立尼达”号、“维多利亚”号和“康塞普森”号，借着潮水，漫无目标地逃离了这座岛屿。在驶离了宿雾岛和棉兰老岛之间的保和岛（Lsland of Bohol）后，三艘船只剩下了两艘。“康塞普森”号严重漏水，而且由于没有足够的船员驾驶它——自从离开圣路卡后，船队已经损失了150名船员——因此，他们不得不放火烧毁它，并将其沉入海底。
1521年11月6日，在印度洋群岛航行4个月后，“维多利亚”号抵达摩鹿加群岛。随后“特立尼达”号——麦哲伦船队的旗舰——也到达了。不过“特立尼达”号却没能回到欧洲。这是它的最后一程，但不是因为船身条件不再适合航海了。这艘船现在的船长是戈麦斯·德·埃斯皮诺萨，他曾是9个月前麦哲伦镇压圣胡利安湾叛乱的得力干将。但这一次，他就没那么幸运了。在他向北打算行驶到北海道的途中（并试图到达巴拿马），“特立尼达”号先是被大风吹到了南方，随后又碰上了一支葡萄牙舰队。舰队指挥官安东尼奥·德·布里托（António de Brito）听说这是麦哲伦的航海探险队，但不知道他已经死了，于是想要逮捕他。最终葡萄牙舰队在摩鹿加群岛的特尔纳特岛（Ternate Island）包围了“特立尼达”号，扣押了文件，拆除了船帆和其他设备。莫里森写道，在一次风暴中，它“四分五裂了”，“变成了一堆废品”。布里托后来发给里斯本的报告证实了那个年代的残忍。他砍掉了“特立尼达”号上一个船员的头——他解释道，因为那是一个葡萄牙人，是一个背叛者——他甚至打算烧光船上所有的物品。不过，他写道：“我在马六甲扣留了他们，因为这是个对人无益的国家，很适合在这里杀死他们。”于是这艘船上只有4个人幸存下来，并最终回到欧洲。
相比之下，“维多利亚”号则幸运得多，它运回了26吨香料。颇具讽刺意味的是，这艘船的现任船长是胡安·塞巴斯蒂安·德·卡诺，他是一年半之前圣胡利安湾叛乱的发动者之一。他和他的领航员弗朗西斯科·阿尔波（Francisco Albo）出色完成了环球航行。与麦哲伦不同的是，他们没有遇见不知名的海域；他们碰到的都是熟悉的且在地图上已经有标注的海域。然而，他们还将面临另外一个挑战。由于船帆印着卡斯蒂利亚和阿拉贡的十字架，对于葡萄牙人来说，这为他们抢劫“维多利亚”号提供了合理的借口。曼努埃尔一世的帝国幅员辽阔，环游半个多世界的卡诺和阿尔波不得不绕过马六甲海峡、东印度群岛、非洲（典型的如莫桑比克）。如果可能的话，他们还要避开佛得角群岛，因为这座群岛早在1495年就已成为葡萄牙的殖民地了。根据皮加费塔的记载，全体船员发誓，宁死也不愿意落入葡萄牙人之手。
对于领航员来说，这意味着他要引导一艘摇摇晃晃、破烂不堪而且正在被虫子吞噬的船，完成一条漫长的绕行路线。从裂缝中涌进来的海水，似乎加重了这些破碎的木板发出的痛苦呻吟。极度虚弱的船员们仔细修补这些木板，小心谨慎地渡过印度洋，绕过非洲的最南端，并在这条船即将完全报废之时，到达非洲的西海岸——他们一共备受煎熬地绕行了17800英里， 是39300英里的环球航行中最长的一段 注89 。在这段极度痛苦的8个月中，有19名船员死去。3年前离开西班牙时，船队共有265人，而现在，只剩下了18名瘦骨嶙峋幽灵般的船员。他们在佛得角群岛的圣地亚哥岛与伊比利亚敌人遭遇，但侥幸逃脱——他们装作刚从美洲回来——在1522年9月4日，观察员看见了圣文森特角（Cape St. Vincent）。4天后，“维多利亚”号到达了圣路卡，胜利完成了环球航行。之后沿瓜达基维尔河航行抵达塞利维亚。
西班牙人原以为这支船队已经失踪，早已对他们不抱任何期望。现在，这些幸存者们成功返航，受到了人们的热烈欢迎，用他们同胞的话来说，“这是自从上帝创造世界以来最伟大最奇妙的事”。当他们的大炮在向塞维利亚的 希拉尔达塔 注90 致敬的同时，也是在庆祝他们在环球航行中发现了麦哲伦海峡、太平洋以及菲律宾，码头上的其他水手也在尝试理解这些骨瘦如柴的海员所说的话。他们成功返航的消息迅速传遍整个城市、西班牙和欧洲。这段时间，还发生了一件残酷而又讽刺的事情。正在巴伐利亚的查理五世已经走出路德事件的阴影，非常高兴地接见了船队唯一幸存的那条船的船长——这个曾经在1520年4月2日在圣胡利安湾发动叛乱、差点在船队还没到达海峡之前就颠覆了麦哲伦所有努力的人。
当然对胡安·塞巴斯蒂安·德·卡诺的推崇是因为误解。一年前，“圣安东尼奥”号在背叛者艾斯特瓦·高莫斯和同伙的驾驶下回到了塞维利亚，在这里，西班牙当局组建了一个皇家调查委员会。这些叛徒声称船队中所有的船员都已经丧生，剩余的船只已经沉到了海底，以为自己开脱。而且他们还声称自己之所以与麦哲伦分道扬镳，是因为他们发现麦哲伦正在计划投靠葡萄牙。他们发誓，为了抵抗麦哲伦，他们制服了船长——麦哲伦的表哥阿尔瓦罗·德·梅斯基塔——拯救了“圣安东尼奥”号，并把它带回了西班牙。他们没有提到麦哲伦发现海峡的事情，提到船队进入海湾时也只是轻描淡写，但他们发誓麦哲伦对航道的探索完全是徒劳无功的。
“维多利亚”号虽然不是麦哲伦探险船队的旗舰，但是它在麦哲伦环球航行中发挥了重大作用，是船队中唯一一艘完成环球航行并回到西班牙的海船。图为位于智利港口城市彭塔阿雷纳斯的一艘“维多利亚”号的复制品。
政府官员不相信他们，在获得更多有关船队的信息之前，暂时不作出最终的裁决——同时把所有相关人员关进监狱，包括船长梅斯基塔。现在，大家知道了真相，释放了梅斯基塔，并给予他赔偿。而背叛者的下场就不言而喻了。从逻辑上说，委员会的下一步应该是调查整个叛乱事件，而卡诺就是其中的一个共犯。但调查并没有发生。卡诺的话语就足够将他们保护起来，因为任何玷污他新形象的行为都是不可想象的。西班牙法官们正在面临一个选择，是应该把船队指挥官奉为圣人，还是应该尊崇带回最后一条船的船长。他们迅速作出了决定，探险队的首领现在已经是一位死去的葡萄牙人了，而卡诺不仅仅是一位西班牙人，而且还是活着返回的；此外，他还是贵族巴斯克家族的成员。因此，他的名字，而非麦哲伦的名字，开始迅速传开，受到广泛甚至夸张的赞扬。
皇帝的表现如同他在沃姆斯的愚蠢一样滑稽可笑。他把卡诺召进皇宫，封为爵士，赐予他每年500金币赏金，颁给他一枚荣誉盾徽，上面刻着“你第一次环游我”，这几个字环绕在地球图案周围——于是麦哲伦的所有功劳变成了他的荣誉。而使这一切变得无耻的当数弗朗兰西斯科·阿尔波，其实他的航海日志记载了所有的事实，没有他，“维多利亚”号也不会找到安全的港湾，他同卡诺也不会一起到达巴利亚多里德。不久，安东尼奥·皮加费塔也在皇宫受到接见，由于拥有威尼斯贵族血统，所以他是不会被遗忘的。期间，他愚蠢地向查理五世呈递了他亲笔记录的航海日记。从此之后，他就再也没见过他的日记，幸运的是，他留下了一份副本。
这是一幅大约1800年代的版画，其蓝本是西班牙艺术家杰西·洛佩兹·恩吉达诺斯 （Jose Lopez Enguidanos）为卡诺所画的一张肖像。
当提到麦哲伦的时候，人们都会流露出一丝嘲讽。在启航之前，他留下了一份遗嘱，但是它的受益人——穷人，囚犯，以及寄养在修道院和医院的人——都没有获得一枚西班牙金币。他的岳父迪尔戈·巴博萨现在仍在世。由于失去了两个孩子和一个外孙，也就是麦哲伦的儿子，他一直在诅咒遇见麦哲伦的那一天。卡诺的崇拜者们似乎大获全胜，好像他们从来没有这么容易地掌控过历史——但是最终，唐·安东尼奥、其余的幸存者，以及现存的航海记录将会揭露他们。然而，如果社会上的影响和偏见能让说谎者获得既得利益，那么最厚颜无耻的谎言也难以被戳穿。甚至麦哲伦3年航海的真相被披露和证实后，人们还是持深深的怀疑态度。在西班牙，世界上最伟大探险家的功绩依旧不被人们承认，他的成就被贬低，并归于其他人的身上，或者如同他生命最后几天的传教执念一样，遭受嘲笑。据说，麦哲伦发现菲律宾人的时候，他们是异教徒，离开的时候，他们还是异教徒，由于他所犯下的错，菲律宾人被认为会一直是异教徒。在西班牙，人们对于这次残酷突袭行动的记忆早在16世纪末之前就已经消失。然而，菲律宾群岛的牧师尽情地“享受”着类似于对麦哲伦的讽刺。麦哲伦送给胡马邦第一任妻子胡安娜的圣母玛利亚及圣婴的木制雕像仍被完整保存并受人尊敬，而且菲律宾有6000万——占总人口的85%——的天主教徒。
在葡萄牙里斯本有一处著名的地标：航海纪念碑。图为其中麦哲伦的雕像。
到16世纪晚期，麦哲伦的名字重新被人提起；麦哲伦海峡被标注在世界地图上，人们将这一重大发现归功于他。这是由比利时刻版师在1596年制作的一幅版画，在这幅特殊的世界地图上，麦哲伦（左下）与哥伦布、意大利探险家阿美利哥·韦斯普奇、西班牙探险家弗朗西斯科·皮萨罗被画在世界地图的四个角上，他们被认为是锚定地球边界的最重要的四名探险家。
在南半天球，肉眼可以清楚地看见一大一小两个翠绿的云雾状天体在夜空中旋转。它们就是麦哲伦星云。一长串的星辉让人心生敬畏，更显现出了宇宙的浩瀚无穷。这两个伴星系太远，人们只能用丰富的想象力来估测它们离地球的距离。星云中的一颗星星发出的光在真空中一秒钟所走过的距离超过186291英里，一年所走过的距离是60000亿英里，只有经过16万年，人们才能在地球上看见它。因此，这个星云的光辉在麦哲伦从麦哲伦海峡出发、穿过太平洋时发出，还要经过1595个世纪才能到达地球。这个宇宙观念会让他感到安慰，但美国宇航局喷气推进实验室的“麦哲伦项目”则恰好相反。这位船队指挥官相信神的力量，他只会对这些试图侵犯上帝领土的科学家们感到厌烦。
在那个时代，麦哲伦并不是最聪明的人，伊拉斯谟才是；他也不是天赋异禀的人，达·芬奇才是。但麦哲伦成了儿时渴望成为的人物——最伟大的时代英雄。这位英雄独自前行，没有任何鼓励，仅仅依靠自己的信念和内心的力量。耻辱和谩骂并没有让他泄气。他丝毫不在意他人的认可、声誉、财富或者爱，他只在乎自己的荣誉感，他不允许任何人来进行评判。拉罗什福科（La Rochefoucauld）并不一直是个批判者，他这样评论麦哲伦：“他做到了我们只有在他人监督或注视下才能做到的事。”跟随内心陀螺仪的指引，他一心一意地追寻着自己的梦，不管别人的排斥和失败，即使面对即将到来的死亡也毫不畏惧。没有人能理解这种坚韧的意志。事实上，所有的人都希望得到来自外部的激励：同龄人的认可、宽恕、爱的承诺、报酬、掌声和勋章——这些都是用来满足精神需求的。由于这些渴求都是再正常不过的，所以只有强大人格力量的人才能抑制这些需求。
在漫长的历史长河中，很难找到其英雄行为能超越麦哲伦的一个人了。对于大多数16世纪的欧洲人来说，他环游世界的梦想是不可思议的。为了实现这个梦想，他背离了自己的祖国，背负了叛国罪的罪名。他刚开始接手的那些船原本都是不适合航海的。在他出发之前，葡萄牙的间谍蓄意破坏他的航行，而且取得了一些成功。当他开始探险时，船队中的水手来自世界各地，无法用同一种语言交流，安排给他的几位船长都不服从他，几乎导致了叛乱，而之后叛乱确实也发生了。当他在拉普拉塔河极度失望时，也不能向任何人吐露自己的心声，他只能坚强地继续寻找信念中的那个海峡。当他最后就要成功时，背叛者们却带着他最大的那条船和大量的食物逃走了。而剩下4条船中，有3条没能完成航行。在穿越太平洋史诗般的壮举中，他坚韧不拔的意志提升了船员们的斗志和耐力。他对菲律宾的发现反而比他的最初目标——摩鹿加群岛——更有意义，他临死前都想着要把这里的人带入现代社会。
他不太光彩的死亡给他的声名带来了困扰，甚至抹黑了他的行为准则。这一方面可能是因为在完成环球航行后他的兴奋所致，另一方面是因为他生活在一个信仰上帝的时代，他被信仰所扭曲。但同当时的一些重要人物相比，他的这种扭曲算是轻微的。教皇、国王和改革者的双手无不沾满了无辜者的鲜血，他的手却是干净的。对麦克坦岛的误判之举让他一失足成千古恨，可以说没有人愿意为自己的小错付出如此巨大的代价。他失去的不仅是自己的生命，还有航行的最后成功和对自己的辩护。
他的性格当然有缺陷。但是英雄不一定要让人钦佩，很多英雄确实也是如此。他们成功背后的性格就证明了这一点。那些有惊人之举的人物——不管是英雄还是其他十恶不赦之徒——通常不能处理好人际关系。这种令人不愉快的现实经常会掩盖住英雄们光辉的形象。因此，许多著名的政治家、作家、画家、作曲家都成了不受欢迎的儿子、丈夫、父亲和朋友，这也恰恰证明了这条规律。林肯的婚姻是一场灾难；说得委婉一些，富兰克林·罗斯福也是一个伪善者。
但他们都是成功者。真正的圣斗士甚至更可能令人反感。他们的缺点尽管令人大失所望，但无关紧要。最后，他们的英雄行为照亮了黑暗。如果麦哲伦遇见了耶稣，耶稣也许会感到一阵失望，但他跟耶稣一样，都是英雄。他现在是，而且将来将一直都是。因此，在所有缅怀他的事物中，麦哲伦星云是最合适不过了。同这个星云一样，他的发现照耀着他的船队所开辟的新世界，从现在直到永远。
星辰一直在天空闪耀，点亮浩瀚无穷的蓝色苍穹，它们似乎在对信徒们许诺，虽然现在的生活可能是痛苦的，但他们可以获得救赎，因为在这神奇的天空之外就是天堂，上帝在那里等待着他的选民。处在天堂、凡世和地狱的信徒们都知道，所有的灵魂，要么在死后堕入地狱，遭受永罚，要么穿过炼狱这个《圣经》里没有提到过的地方后，获得永恒的荣耀。
这张照片是2005年哈勃太空望远镜所拍摄的小麦哲伦星云。
在当时，所有的这一切都被认为是真实的。公众舆论还未出现，甚至连此概念都还没提出，但人们知道应该怎么做，他们珍视信念，因为在大多数情况下，信念是其唯一的遗产。皇帝、国王和诸侯才有权力去判决，而弱者只能忍受，温顺而谦卑地感激上帝，因为他会下来拯救这些身份低微的罪人。耶稣曾经在水上行走，救活死者，治愈病人，驱走魔鬼，变出面包和鱼，将水变成酒，因此，耶稣是他们的救世主，全能的上帝的独子，与上帝、圣灵共同构成了“三位一体”，守护着人们纯洁的心灵。虽然他们的形象模糊朦胧，但仍深受人们的喜欢。仁慈是耶稣的母亲圣母玛利亚带给人们的安慰，它可能在任何时候出现在凡人身边。所有质疑玛利亚贞洁的人、怀疑死后世界是否存在的人、怀疑基督仁慈与和善的人，都会在第二天的黎明时分接受火刑，他在死亡时的祈求也会遭到拒绝。
这是一名不知名的艺术家于1610年为德国数学家、天文学家开普勒所绘制的肖像。
在那个时候，上帝不像今天君主立宪制的国王那样慈祥，那样遥不可及。他一直在人们附近，无所不能，而且经常会莫名其妙地发怒，直接向人们施加惩罚。如果农作物获得丰收，那是上帝在奖励无过之人；如果农作物歉收，那是上帝在惩罚那些自认为无过的农民，他们是恶人的后代。星辰是他神秘的珠宝，是他夜间警戒与无处不在的证据。东边的星星指引智者找到了圣母玛利亚放置圣婴的马槽，那些能看懂和阐释星星变化的人能够预测人的命运。
约翰尼斯·开普勒（Johannes Kepler）是文艺复兴时期伟大的天文学家，他发现了行星运动的3个规律，在古代天文学和现代天文学之间搭建了一座桥梁。1601年，当他在布拉格被神圣罗马帝国皇帝任命为帝国数学家时，他出版了第一部作品《更可靠的天文学基础》（The More Certain Basics of Astrology），反对神造人的观点。但是当时人们都对他的“占星术”感到敬畏。 他还为皇帝鲁道夫二世占星算命。尽管如此，在一个被迷信统治的世界，信仰科学的人难免受到质疑。在他40岁事业达到顶峰时，他的母亲被控告为女巫。他骑马匆忙地赶到她身边——毫无疑问，这是出于子女的孝心，同时他也是在拯救自己。折磨和火刑通常会随之而来。如果他巧妙的干涉没有拯救自己的母亲，他也将会蒙受羞耻，失去官职，还有可能进入宗教审判所接受审判。
与修道士科斯马斯一样，巴比伦的天文学家一直坚信地球是平的。荷马（公元前9世纪～前8世纪）认为地球是一个浮在水面上的扁平圆盘，四周被海洋包围，上方由拱形天空笼罩着。毕达哥拉斯（约公元前580～前500）是第一个提出地球是一个球体观点的人。亚里士多德和之后的希帕克斯也赞同这种说法。他们两人都曾经猜测太阳是宇宙的中心，地球在一个轨道上围绕太阳旋转。后来这个想法被放弃，亚里士多德又坚信宇宙是一个球体，地球就固定在这个球体的中心。他们没有意识到发光的星星是恒星，而不是行星。托勒密（公元2世纪）继承了希帕克斯的观点，提出了一个革命性的观点：地心说，即地球的位置固定不动，是宇宙的中心，太阳、星星和其他的星球都围绕着地球转动。他设计了一个精密的宇宙模型，由大大小小的圆圈组成，每个圆圈都是一个天体运行的轨道。地心说和亚里士多德关于地球固定不动的假设被基督教教义奉为经典。托勒密的观点虽然是错误的，但他的天文学观点统治了欧洲1300多年，在地理学上也产生了深远影响。
1577年，一颗巨大的彗星飞临地球。全欧洲的人都看见了这颗彗星，包括年仅6岁的开普勒。
虽然哥白尼认识到了托勒密设计的精美宇宙模型存在的不足，但他的天赋并没有在他在世的时候获得认可。他似乎太过谨慎。24岁时，他发表了第一篇科学论文，40多岁时，梵蒂冈意识到了哥白尼的同行对他的尊敬。然而，1514年，当他被邀于拉特兰会议上发表一个关于历法改革的演讲时，由于没有准备好，他拒绝了。经过多年的数学计算，他最终确信自己关于太阳系的观点是对的，但是他没有打算把这个观点公开。他一直在犹豫，甚至直到教皇向他询问最终结论时他也没有开口。最终是他的朋友们推动了这场“哥白尼革命”。1543年5月24日，当他奄奄一息地躺在弗劳恩堡时，他的朋友给他带来了他的著作《天体运行论》。
聪明的历史学家们对曾经的博学之士所得出的想法和结论一直有浓厚的兴趣。但是大多数人，不管年纪如何，都不会对那些新想法有太多的印象。很多人都不相信这些新的东西。这些不可抗拒的观点迟早会变成行动，随后将获得巨大力量。对于不了解爱因斯坦相对论的人来说，它就是一个笑话，但是这些人一听说原子弹，他们的笑声就随着广岛一同消失了。但哥白尼没有生活在这样的时代。然而，麦哲伦的航行在20多年来已经成为世人皆知的事情。这件事情，而不是这个想法，立刻引起了人们的关注——侍从快马加鞭地向皇帝和教皇报告这件事。
与上帝直接展开对话的哥白尼。
惊疑随之而来。在这场漫长的航行中，从“1519年9月20日”开始，皮加费塔每天都会一丝不苟地在日记中记录所有事情。他写道，他们回到西班牙的日期是“9月6日，星期六”，但是岸上的西班牙人们不同意，坚持说是“9月7日，星期日”。唐·安东尼奥也与阿尔波核实过。阿尔波依照麦哲伦的命令，也写了一份航海日记，他也认为是9月6日。显然，不可能所有的人都搞错了这样一个简单的事实，因此，他们陷入了一个困惑：为什么船队到达日期的两种说法会整整相差24个小时。他们刚刚证明了地球是一个球体，但他们还没有认真思考过这个球体。
1610年，伽利略出版了具有里程碑意义的著作《星际信使》（Sidereus Nuncius），这是第一本建立在用望远镜观测天体运转之上的天文学著作，它的出版标志着地心说的破产。这是《星际信使》1610年首版时的封面图。
一旦他们——欧洲人——意识到了，那么问题就开始了。一个想法完全可以成为现实。想法可以通过辩解排除，或者被其他貌似合理的说法替代。但事实的可改变性就小很多了。每一个答案都会牵引出新的问题。环球航行的幸存者们发现世界的另一端有人居住，并改变了他们的信仰，给他们带去了救赎的希望。但是，哪里才是他们的天堂，哪里又是欧洲人的天堂？地狱又在哪里？随着航行的继续，其余的海员返航后不断诉说着异国他乡的故事，那里的人从没听说过《圣经》，不同的人信仰着不同的天堂。穆斯林是欧洲人眼中的异教徒，但他们的《古兰经》中有一个令人熟悉的戒指。他们相信，人在死了之后，在获得极乐之前，所有的灵魂都要经过一个炼狱般的悲惨国度。中国人心中也有一个天堂，佛教徒心中有一个极乐世界，印度教徒心中是混杂着各种各样的天堂。所有的天堂里都没有恐惧、痛苦和黑暗。基督教和这些不同的陌生信仰看起来有很多相同之处，甚至连童贞生子也非其独有。
基督教的领袖，不论是天主教的还是新教的，都未能及时意识到所面临的“威胁”。同时，随着16世纪的结束17世纪的到来，科学带来的“威胁”如同 九头蛇 注91 一样无法根除。数学家们开始向几千年的信仰发出挑战。蒂宾根大学的米歇尔·马斯特林（Michael Mästlin）教授曾经是哥白尼的学生，而开普勒又是马斯特林的学生，他用数学的方法证明了地球是绕太阳向东运行，自转一周就是一天。之前人们一直认为行星是静止不动和永恒的，但开普勒发现了一颗超新星，当它爆炸后，他连续17个月观察到它爆炸的景象，之后才渐渐消失。他还认为，火星的轨道是一个椭圆，但这种说法甚至在天文学界中都是异端学说，因为天文学家们所了解的行星都是完美的，它们只会在圆形或者圆形组合的轨道上运行。
这是地图绘制师安德里亚斯·塞拉里厄斯（Andreas Cellarius）在1660年出版的一本地图集中的一页插图，用透视画法描绘了哥白尼的天体运行理论。
日心说和地心说同时存在，即使是科学家之间也争论不休，直到伽利略发明了望远镜，才证明地心说是完全错误的，天体静止的观点也随之消失。地球不是宇宙的中心，宇宙是无边无际的，没有中心，它一直在延伸，还有无数的星系。 1576年，随着这些理论不断扩散，有人意识到了太阳就是一颗恒星。乔尔丹诺·布鲁诺和托马斯·迪格斯（Thomas Digges）也赞同这种观点，但是我们无从知晓是谁最先提出了这种观点。天文学家亚瑟·厄普格伦（Arthur Upgren）认为：“意识到太阳是一颗恒星一定是所有科学中最伟大也是最不受欢迎的发现之一。”
然而，当托勒密的宇宙观已经不足以让人们相信时，这个发现就是迟早的。皇家天文学会的科林·A. 罗林（Colin A. Ronan）写道：“地心说的推翻给人们带来了巨大的心理震撼。地球不再是世界的中心……之前人们一直相信，人类是微观宇宙和宏观宇宙联系的纽带，现在这种纽带不复存在了。要否定古代社会的整个体系，就必须完全改变人们对宇宙的哲学观念。”
伽利略给威尼斯的总督演示如何使用望远镜。
事实上，那个时代取得的辉煌成就对过去的观念形成了最后的也是致命的打击。那些因此遭受严重损失的人否认了一切关于地球和观念的新发现，将所有承认新观念的人称为异教徒。教皇带头进行反击。如果他不这么做反而是不正常的，因为那样会背叛之前的256任教皇。教会一直认为，当新发现的事物跟《圣经》发生冲突时，前者必须屈从。而且《圣经》的所有权威阐释一直否认日心说。
因此，罗马的宗教法庭宣称地球绕太阳旋转的观点“在哲学上是愚蠢的，荒谬的，完全是异端邪说，因为它与《圣经》的许多教义相违背，不论是字面含义，还是与教皇和博学多才的神学家的阐释等都相冲突”。后来的28任教皇都赞同这一判决。一直过了300年，教会才改变看法。哥白尼的《天球运行论》在1758年前一直被列为禁书，又过了70年，这本书才解禁，而伽利略的《关于托勒密和哥白尼两大世界体系的对话》（Dialogue Concerning the Two Chief World Systems）直到 1822年才解禁，此时距罗马教廷获得阿尔波和安东尼奥的航海日记已经过去了300年。
然而，教皇的固执无法恢复那些不受欢迎的神话故事。中世纪思维已经彻底破碎。它的武断、绝对权威和绝对正确已经一去不复返了。现在它已经陷入了绝境。文艺复兴、民族主义、人文主义、不断提升的受教育水平和新开启的贸易领域等对1000多年来人们盲目遵从的虚构神话发出了巨大挑战。欧洲不再是整个世界，这个世界也不再是宇宙的中心；因为地球每天都会自转和公转，天堂和地狱不会出现在我们想象的地方，人们也开始从理性的角度来分析这两个地方是否真的存在。如果没有地狱，撒旦就不可能存在；如果没有天堂，上帝也是虚构的，至少中世纪的上帝是这样的。但是到此，人们的理性就停留了下来。基督教徒们发现他们无法忍受没有上帝的世界，因为人们需要更高权力的信仰，于是就编造一个创世主、一个王中之王、神中之神来作为自己的信仰——正如伏尔泰在1770年写的那样：“即使没有上帝，也要造出一个上帝来。”
伏尔泰认为这是不必要的，他强调教会的存在，而不是上帝。由于伏尔泰的观点过于激进，因而受到广泛质疑。强大、热情而又虔诚的基督教徒们同他的观点斗争了近500年，取得了不同程度的胜利。现在，全世界的基督教信仰者达10亿之众，然而，他们中并非所有人都相信来世。怀疑的幽灵一直在圣殿和圣餐周围盘旋，信徒们希望相信，而且大多数时候他们都能说服自己去相信上帝。然而完全抑制住怀疑是件很困难的事，尤其是世俗社会加大了信仰的难度。最煎熬的是那种失落感，即中世纪信仰的宁静和对那个时代永恒荣耀的确信已经一去不复返……