抗生素信息通常不会出现在食物营养标签上，但实际上它们应该被标出来。人们或许不知情，但所有人都暴露于抗生素的作用下。这是一百万年来人类的生活环境发生的巨变之一，但直到五十年前才真正开始产生影响。1928年苏格兰人亚历山大·弗莱明（Alexander Fleming）偶然发现霉菌生成了能杀死细菌的物质，那时他可能从没想过现代社会将会如此依赖这种物质。现在人们称之为青霉素。
事实上，费莱明没有预见到霉菌制成药物的巨大潜能。是他的同行霍华德·弗洛里（Howard Florey）和恩斯特·钱恩（Ernst Chain）实现了青霉素的提纯，并且在危重感染的患者身上开展了临床试验，此前这些感染往往被认为无药可治。早期提纯出来的青霉素非常宝贵，他们甚至会回收患者的尿液，稍加净化后给下个病人使用。之后在二战时伦敦遭遇空袭期间，他们离开伦敦，在美国开始工业化生产青霉素，以供盟军使用。
抗生素取得了巨大的成功，挽救了遭受致死性感染威胁的几百万患者的生命。战后医生们预言抗生素的运用预示着所有人类感染的终结。
身为DJ和电视红人的阿兰娜和丽莎是一对26岁的双胞胎（the Mac Twins），事业成功，生活幸福。她们来自苏格兰，两人都是金发，浑身洋溢着活力。她们是同卵双保胎，因此长得很像。不过尽管外貌相似，两人的差异却比想象中大得多。她们的身高相近，体重差不多，都是9.5英石。不过丽莎的臀部更丰满一些，而且她曾经在半年的时间长了2英石。丽莎现在喜欢进行规律运动以控制体重，阿兰娜则对运动不感兴趣，喜欢练高温瑜伽来健身。阿兰娜觉得5：2断食很容易做到，并用这个方法来控制体重，而对丽莎来说，不按时进食的话她简直会发疯。
她们俩的性格也大不一样。阿兰娜曾经是比较害羞的那一个，她更务实，情绪也更稳定，而丽莎有时候会有些神经质，有阵发性强迫症的倾向。她俩的父亲在打高尔夫球时因为心脏病发作离世，年仅58岁，面对这一噩耗，她们的反应截然不同——阿兰娜坦然面对，但偶尔会情绪崩溃，丽莎则拒绝接受这个事实，低落萎靡。她们一直不明白为什么她们如此相似却又如此不同。
她们在苏格兰长大，17岁之前都住在同一个房间里，尽管她们经常吵架但仍然是彼此最亲密的朋友。6个月大的时候，她们身体都不大好，先是因为支气管炎住院，后来又因为反复复发的中耳炎和扁桃体炎使用了多个疗程的抗生素。4岁时阿兰娜因为反复发作的膀胱炎频繁长时间住院，并且持续服用抗生素近2年。之后不久，她就患上了青少年关节炎，这是一种遗传性自身免疫性疾病，侵害全身多处关节，引起关节肿胀和僵硬，造成极大的痛苦。阿兰娜服用大量药物控制住了病情，能够正常生活，在她16岁的时候病痛奇迹般地消失了。
让医生觉得奇怪的是，丽莎从来没有患过关节炎，不过离家后不久，她就长了严重的痤疮，她已经过了长痤疮的年纪，因此这出人意料。阿兰娜却从没长过痤疮，这很奇怪，因为双胞胎研究表明痤疮是最容易遗传的病症之一。丽莎的痤疮非常严重，医生开了几个月的二甲胺四环素（minocycline），后来又加了其他更强效的抗生素，最后才控制住。一年后，丽莎又得了膀胱炎和肾炎，此后多次复发，每次都需要使用长疗程的抗生素。医生甚至建议她终生服用抗生素。
从成长经历来看，她们拥有巨大差异的可能原因之一就是抗生素。如果不是儿时因为反复感染经常使用抗生素杀死了从母亲体内获取的肠道微生物，阿兰娜可能不会得关节炎。抗生素可能影响了她的免疫系统，说不定还是她喜欢练高温瑜伽的原因。同样，丽莎的迟发性痤疮虽然与遗传有关，但主要还是由于细菌大量繁殖及身体的过度反应引起的，之后容易肾脏感染可能也是由肠道菌群紊乱所造成。她们什么都吃，从腌蛋到肉馅羊肚（haggis），从薯片到寿司。过去她们上厕所的时间都一样，不过现在尽管吃的一样，生活方式也一样，她们的排便规律和习惯都大不相同。在检测了她们的肠道菌群后我们发现，她们体内常见细菌的比例都不一样。总的说来她们就像两个毫无关系的人一样，只有一小部分细菌是相同的。这也意味着抗生素治疗完全抹去了她们出生时相同的遗传物质所带来的相似之处。
把抗生素当糖果吃
仅在美国，医生每年就开出2.5亿抗生素治疗处方，而最新研究表明尽管英国管理机构严正警告全科诊所不要滥用抗生素，抗生素的使用率仍在上升。早在1999年全科初级保健医就收到警告，应该减少抗生素的用量，对于中等程度细菌感染和病毒感染不要用抗生素。医生对此置若罔闻——事实上滥用的情况变得更严重了。2011年抗生素使用率上升了40%，医生给一半以上有咳嗽和感冒症状的病人开了抗生素。这些都是由病毒感染引起的，抗生素对其无效。还有约占1/10的医生更加儿戏，可能是应病人的要求或者想让病人尽快出院，给97%的病人开了抗生素。
过去三十年间，有抗生素使用情况记录的国家全都出现了抗生素使用的增加。而医生开出的抗生素40%是完全无效的，原因我们刚说过。 [372] 抗生素滥用的情况在所有国家都存在，但是像瑞典和丹麦这些拥有管理良好的集中式医疗保健制度的国家使用最少——按照人均计算，只有美国人用量的一半。他们也更多地选用非广谱抗生素，这些抗生素能更好地选择性地杀灭细菌，在不影响疗效的基础上减少对肠道微生物的副作用。 [373]
独立机构的分析表明，甚至在极少数情况下，即使在确定存在细菌感染，抗生素的作用也微乎其微。例如早期使用抗生素治疗咽喉炎或鼻炎，只能让症状提早一天消失。对某些人来说这一效果是有意义的，可前提是抗生素没有任何副作用。
致死性的治疗
阿伦2岁时第一次需要抗生素治疗。他妈妈没多想，因为她自己小时候也用过很多次抗生素，她觉得抗生素安全有效。她从没想过会有严重的副作用。
噩梦开始于一天晚上，阿伦在外面玩耍后身上出现了好像蚊子叮咬的小包。他进来后，妈妈给他患处涂上了止痒的治疗虫咬的药膏后就哄他睡觉了。第二天，小包看起来红红的，发炎了，开始朝腿的上部扩散。因为太晚没法去看他自己的儿科医生，妈妈带他去了当地医院的急诊，医生给他注射了一针头孢曲松（ceftriaxone）。这是一种强效的头孢菌素（cephalosporin），广泛用于多种不明细菌感染。为了保险起见，医生还开了另外一种抗生素——复方新诺明（Bactrim）糖浆（两种抗生素的混合制剂），并让他按方案连续治疗10天。
服药后阿伦的腿很快开始好转，可是他出现了严重的腹泻。妈妈没太担心，她知道这是抗生素的一种常见副作用。可腹泻很严重，一直持续，接下来她发现大便中带血。她带阿伦去医院，进行了大便化验后，被告知检查结果表明难辨梭状芽孢杆菌（C.diff）阳性，阿伦得了伪膜性肠炎（pseudo-membranous colitis）。这是一种严重的结肠炎。医生又给他开了另一种抗生素甲硝唑——治疗由难辨梭状芽孢杆菌引起的伪膜性肠炎的一线药物。开始治疗后头几天，他的肠炎很快好转了。可疗程的最后一天，腹泻又出现了。医生又开了同样的药，而同样的情况又一次出现。
“医生建议我们去看一位儿童消化科专家，”阿伦的母亲说，“可是要等漫长的一星期才能排上号。我整个人都吓坏了，赶紧给医生打电话。阿伦的情况那么糟糕，我无法想象要等那么长的时间。他的体重快速下降，整个人看起来病恹恹的。在为了弄清楚他的病情查询资料的过程中，我了解到有一种罕见的严重并发症会导致结肠破裂，而且往往致命。医生说他也无计可施，并且建议我要是实在太担心就带阿伦去儿童医院住院。我担心得几乎发狂，整整两夜没睡。后来，他奇迹般地开始好转——我永远无法知道是什么原因——但他也可能就那样死去。人们应该要了解抗生素会造成这些严重的副作用。”
有一些孩子就没有这样幸运了。罹患这种肠炎的儿童中有半数丧失生命，因为抗生素造成的破坏太严重，免疫系统和肠道屏障都彻底失去了功能。这种情况常见于抗生素的使用使结肠微生物的数量大大减少的情况中：微生物多样性降低，保护性细菌的作用减弱，一种致病性的难辨梭状芽孢杆菌大量繁殖，在肠道占据了主导地位。这是一种可怕但罕见的副作用，发生率约为十万分之一。用奶粉喂养的婴儿患病风险较高，因为他们缺少从富含益生元的母乳中获取的多种多样且有益健康的细菌例如双歧杆菌。这些细菌能增加他们抗感染的能力，而且能减少过敏的发生。 [374]
我们每年应用几百万例抗生素，这些广谱抗生素在杀灭致病菌的同时也给其他细菌带去了灭顶之灾，随之而来，难辨梭状芽孢杆菌感染以及抗生素的耐药越来越多。这警示了我们抗生素滥用、毫无必要的应用，有着可怕而隐蔽性的后果。
无菌分娩可能带来的问题
3岁以前是形成能维护健康的核心菌群的关键时期。遗憾的是，人们丝毫不考虑对微生物的影响，在围产期大量使用药物。给轻微尿路感染的孕母开抗生素的情况很普遍，而过去三十年来，给剖腹产前的产妇静脉滴注强效广谱抗生素头孢菌素，预防发病率为1%～3%的产后感染更成为了常规。这种药物可以透过胎盘影响胎儿，并且进入乳汁中，可能还有其他更严重的副作用。 [375]
我支持在某些情况下施行剖腹产。我母亲怀孕后期出现了胎盘供血不足，紧急剖腹产挽救了我的生命。当时的我是一个孕30周的早产儿，体重4磅，是个小不点，要是我早出生几年，可能没有存活的希望。25年后，我在科尔切斯特附近的一家小型医院为胎儿接生，惊奇地发现我正是给几十年前在凌晨3点从家中赶到医院为我接生的医生做助手，我以这样一种奇特的方式表达了我对他的感激之情。我曾经在我的出生证明上看到过他的名字——奇怪的是，他好像没有认出我来。
能挽救生命的紧急剖腹产是必要的，可选择性的剖腹产就完全是另一回事了。
欧洲不同国家的剖腹产率差异很大。2010年意大利毫无意外地以38%的剖腹产率高居榜首，而希腊等国家剖腹产率更有可能超过50%。自2000年以来，各个国家的剖腹产出生率都增加了，从北欧到南欧剖腹产率大致呈梯度上升，英国以23%的剖腹产率居中。欧洲剖腹产率最低的——同时可能也是发达国家中最低的，自20世纪80年代以来这些国家的情况几乎没变——是一些“贫瘠”的国家，其中荷兰剖腹产率只有14%，紧随其后的是北欧国家。这一数字可能代表着较合理的剖腹产率，其他国家可以此为参照。
1968年美国剖腹产出生率只有4%，现在接近1/3，每年有130万台剖腹产手术。 [376] 不同地区间这一数据可相差10倍，从一些小镇的7%，到纽约的50%，再到波多黎各的60%。 [377] 那些妊娠风险最低和无力承担手术费用的较贫穷国家，例如巴西（45%）和墨西哥（37%），剖腹产开展得反而最多。执行独生子女政策的中国也受到这一风潮的影响。在中国剖腹产成了主要的分娩方式。 [378] 外观、经济和文化原因可能都与这些地区差异有关，但最重要的可能还是医生的选择，有了剖腹产手术，医生再也不用凌晨2点醒来，还有时间精进自己的高尔夫球技术。
双倍麻烦
30岁的玛丽亚是一个孩子的妈妈，她正期待着一对双胞胎的出生。她在医院工作，所以对整个流程很清楚。医生们讨论决定她应该在怀孕37周时接受剖腹产手术。预定的日子终于到了。之前她禁食了几天，服用了一些灌肠剂来排空肠道。手术室里挤满了工作人员，她的丈夫身穿手术服，戴着口罩，紧张不安地站在她身边。另一端，一道布帘将医生团队与他们隔开。
医生对她施行了轻度麻醉和硬膜外阻滞麻醉（epidural injection）。当医生告诉她生下了两个健康的男婴时她终于放下心来，在孩子被抱走之前匆匆看了孩子一眼。30分钟后缝合完毕，她才第一次将两个小小的包裹抱在怀里。他们比正常婴儿轻，但没有任何危险——体重都在2千克以上。他们看起来就像是从一个模子刻出来的。
开始母乳喂养后，两个婴儿都慢慢地增加了体重。一个星期后，情况发生了变化。胡安体重长得没有马可多，也更爱哭。2个月后，被母乳喂养所累的玛丽亚决定添加奶粉，两个孩子都接受了奶粉。不过胡安长得还是慢一些，夜里更不爱睡，会一阵阵哭闹（colic）。2岁的时候，马可是一个胖乎乎的快活小男孩儿，胡安则瘦小一些，心事重重的模样。玛丽亚带胡安去看医生，医生让她不用担心。
后来医生建议给马可喝豆奶，怀疑他可能有乳糖不耐受。改喝豆奶后，他的体重起初有所增加，随后就出现了一些奇怪的过敏症状。他们俩的个头差得越来越明显。玛丽亚带他们去做了DNA测试。测试结果表明他们的确是同卵双胞胎。他们的遗传物质完全相同，以同样的方式抚养长大，为什么体重差异那么大，医生和家人都想不出原因。
和所有新生儿一样，刚出生时，这对双胞胎肠道里没有任何微生物。在被来自母亲和周围环境的微生物定植的过程中，肠道内逐渐形成微生物群落，同卵双胞胎与异卵双胞胎或单独的个体相比，微生物菌落组成更相似，但并非完全相同。不过剖腹产出生的双胞胎和顺产的相比，肠道菌落组成的差异更大——因为一些奇奇怪怪的原因。比如出生后受到何种对待可能有巨大的影响。
回到胡安和马可的例子。剖腹产的过程是无菌的。但双胞胎被取出后，分别交给了不同的护士。表面上看起来，护士也是无菌的，但其实尽管经过了严格的洗手消毒并且穿了无菌手术服，护士身上仍充满微生物，这些微生物通过她们的头发、皮肤和口唇四处播散。在给婴儿称重、作标记和穿衣服的过程中，护士将这些全新且多样的微生物带到了双胞胎体内。这些进入双胞胎口中和肠道的“外来”微生物和从母体内获得的微生物可不相同，后者才是演化过程意料之中的。因此在他们重回母亲的怀抱前，这些双胞胎就带上了独特的微生物印记，这不仅会影响他们对食物的耐受情况，也会决定他们的一生。
在顺产过程中，首先定植于婴儿肠道的是来自母亲产道包括阴道、尿道和肠道的微生物，随后是皮肤表面的微生物。对婴儿形成独特而复杂的肠道环境来说，头三年至关重要，而这些微生物则为这头三年提供了良好的开端。这些微生物群落对于人体发育特别是对免疫系统功能来说非常关键，而免疫系统恰是需要实际操练来完善的。阴道微生物在怀孕期间会发生巨大变化，为生产做准备，一旦组成改变，有可能引起早产。而剖腹产的婴儿在未接触到这些细菌前就被从母亲体内取出了。
研究表明出生后24小时，剖腹产和顺产的婴儿，肠道微生物就表现出很大差异。最明显的是剖腹产婴儿肠道内没有来自母亲阴道的有益菌乳酸杆菌，取而代之的是葡萄球菌和棒状杆菌（corynebacteria）等来自皮肤表面的细菌。 [379] 这些细菌并不都来自母亲，剖腹产婴儿体内的细菌来自手术室里的医生护士，如果准爸爸没有吓昏过去的话，也有一部分来自他。
因此在出生后几个小时，剖腹产婴儿体内关键细菌的种类发生了变化，这一改变会持续至少三年，甚至终身。即使在开始母乳喂养后，乳酸菌和双歧杆菌等益生菌也更不容易在剖腹产婴儿肠道内定植。 [380]
剖腹产婴儿更容易患过敏症
同样重要的是，肠道微生物紊乱的剖腹产婴儿，免疫系统也受影响，他们更容易患肠道病和过敏症，特别是对食物过敏。 [381] 几乎所有的流行病学研究（观察性研究，而不是临床试验）都表明剖腹产婴儿食物过敏和哮喘的发病率会升高20%。 [382] 母亲本身患有过敏症的话，婴儿的风险更高——可能会高达7倍。研究人员在常规和急诊剖腹产的婴儿身上都发现了同样的高风险，这减少了其他因素可能引起的偏倚，也使研究结果更为可信。
剖腹产这项了不起的技术——不通过自然方式生产——将1/3婴儿带到人间，它与自然的伟力相冲突，而在此之前人们并没有意识到自然生产的重要意义。
废除剖腹生产术是不现实的，除此之外有没有其他可行的办法？
美国肠道项目的发起人罗伯·奈特曾经开展了一项观察剖腹产影响的研究，他给当时正怀孕的妻子提了一个听起来很奇怪的建议。如果她只得接受剖腹产的话，能不能想办法使得生产过程更接近自然状态？妻子同意了，在分娩时因为难产她必须接受剖腹。在麻醉之前，罗伯将一大片卫生棉塞入她体内并擦拭肛门周围。当医生把健康的女婴从母亲体内取出后，他立即用这片卫生棉擦拭婴儿的面部、口唇和眼睛，并持续了几秒钟，尽可能模拟顺产的过程。
三年过去了，她女儿一切都好，肠道菌群看起来很健康。尽管她妈妈有家族过敏史，而女儿长这么大还没有对任何东西过敏，也只因为葡萄球菌喉炎用过一次抗生素。我听说一些北欧医院已经开始私下采用这种方法。罗伯和玛丽亚·多明格斯—贝洛（Maria Dominguez-Bello）在波多黎各接受择期剖腹产的产妇中开展了一项“阴道接种”试验，长期跟踪随访这些婴儿，观察通过这种方法能否让婴儿肠道菌群状态恢复“正常”并减少过敏的发生。
自然通过精妙的设计，不仅是基因，还有母亲的微生物，将营养物质和免疫信号从母亲转移给婴儿，而母亲体内的微生物又受孕期饮食的精细调节。过去两代人过敏症发病率显著升高，可以归因于婴儿体内微生物多样性的降低。微生物的变化影响了免疫系统的发展，具体机制还不为人知。婴儿出生后，很有可能会在3岁内接受抗生素治疗：大部分国家的数据显示孩子在3岁前往往接受过1到3个疗程的抗生素治疗。这种情况下，儿童体内正在形成的微生物菌落的微妙平衡会被打破，并且可能永远无法恢复。
欧美最常见的8种由处方药引起的副作用当中，5种与抗生素使用有关。在美国，一名普通儿童成年前会接受17个疗程的抗生素治疗，和英国的情况一样，大部分治疗都是不必要的，还有一些孩子用得更多。这不仅会降低他们的免疫力，还会带来其他副作用。
发展中国家的儿科医生长期以来就发现慢性感染会阻碍儿童的生长发育，这也能解释贫穷和身材矮小之间的关联。最近，对10项研究长期使用抗生素影响的临床试验的综述表明，使用抗生素后，身高有所增加，每年增加5毫米，但是其对体重的影响更显著。 [383] 对这些非洲和南美儿童来说，抗生素整体上促进了他们的健康，减少了营养不良，消灭了体内的有害细菌，但对西方国家儿童来说却并非如此。
抗生素和肥胖
马蒂·布莱泽（Marty Blaser）是生活在纽约的一名微生物学家，他是最早意识到抗生素的潜在长期危害和不计后果消灭一切微生物这一治疗思路存在偏差的人之一。2009年我在纽约长岛的一个遗传学会议上首次听到他的讲座，并真切地感受到存在这样的危险。关于抗生素的危害他专门写了一本书。 [384]
和我们许多人一样，他也研读了过去21年美国各州肥胖发生率变化的政府调查报告。结果以彩色地图的形式直观展现，随着时间推移而变化，看起来触目惊心。 [385] 地图上的颜色由1985年的浅蓝（肥胖率不到10%）到深蓝、棕色直到鲜红（肥胖率超过25%）——就像描绘了一幅疫病蔓延的景象。1989年所有州的肥胖率都在14%以下，到2010年每个州的肥胖率都超过了20%——即使是肥胖率最低的科罗拉多州也是如此。南部的肥胖率最高而西部最低。目前有1/3（34%）的美国人肥胖。
这其中的原因一言难尽。不过一些指标反映了某些趋势。2010年，各州抗生素使用情况也得以发布。结果再次表明各州存在巨大差异，并且无法用患病率的差异和人口组成加以解释。奇怪的是，反映抗生素使用情况和肥胖率的颜色出现了重叠。抗生素使用率最高的南部各州也是肥胖率最高的。加州和俄勒冈州的抗生素使用率最低（平均比其他州少30%），肥胖率也相对较低。
我们知道此类一国的观察性研究可能极易得出误导性结论。比如，你也可能描绘一幅美国地图，表明肥胖和使用脸书或身体穿洞有关。因此这两项研究的发现还不足以作为证据。抗生素与肥胖相关这一假说仍须验证。
最先提供有力佐证的数据来自埃文地区父母和子女健康纵向调查（Avon Longitudianl Study of Parent and Children）团队，我经常与之合作。研究人员随访1.2万名布里斯托地区的儿童（从他们出生开始），收集了精确的检验结果和完整的病例记录。 [386] 这项研究表明，半岁内使用抗生素会使之后三年内儿童体脂和肥胖风险显著增加——增加22%。之后另一项研究表明抗生素的作用没有如此显著，其他药物对体重没有任何影响。丹麦的一项出生队列研究也印证了这一结果，表明半岁内抗生素的使用会影响7岁时的体重。 [387]
最近美国一项纳入了6.4万名儿童的大型研究公布了研究结果。研究人员比较了不同种类抗生素和准确用药时间的影响。 [388] 宾夕法尼亚州有70%的儿童在2岁前使用过2个疗程的抗生素。他们发现在这个年龄段之前使用抗生素使幼童期肥胖的风险增加11%，而如果使用得更早的话，风险更大。
与之相对，针对特定细菌、抗菌谱较窄的抗生素对体重没有明显影响，而常见的感染同样不影响体重。这些流行病学调查结果虽然能说明抗生素使用和体重有关，但不能作为决定性的证据，因为这种相关性可能是由其他因素引起的，例如使用抗生素的孩子体质不同或者他们更容易变肥胖。因此马蒂·布莱泽和他的研究团队更进一步，在小鼠身上开展动物试验，验证两者的关系。
为了模拟3岁内幼儿使用抗生素的情况，他们将幼鼠分成两组，并给其中一组连续5天注射抗生素，剂量与治疗婴儿喉炎或耳朵发炎相当。接下来给两组小鼠高脂饮食，喂养5个月后检测相关指标，并与没有接受过抗生素治疗的小鼠比较。 [389] 结果明白无误：接受过抗生素治疗的幼鼠，体重和体脂都显著增加，而同时喂以高脂饮食的幼鼠增加最明显。
除非特别幸运，过去六十年中出生的我们在小时候都曾接受过抗生素治疗，或被高脂饮食包围。和这些小鼠一样，我们也可能受到同样的影响。当我问那些来自全英的1万对参与研究的双胞胎，他们中有没有人从未使用过抗生素，可以做我们的研究对象时，没有一个人应答。哪怕你小时候幸运地躲过了抗生素，也很可能无法逃开剖腹产。校正了其他因素影响的一项荟萃分析表明，剖腹出生也没有接受“阴道接种”的孩子，肥胖的风险增加20%，在我看来很有可能是由于微生物的改变引起的。 [390]
嗑药的动物
大部分制售的抗生素都不是用来给人治病的。欧洲有70%的抗生素用于畜牧业，而且相邻国家的用量存在巨大差异。美国有80%的抗生素用于养殖业。这是一个非常庞大的数字——2011年有1300千克，而1950年还只有50千克。 [391] 你可能会以为肯定是养殖的动物经常生病。实际上另有原因。
战后到60年代，科学家为了寻找让动物生长更快的方法，做了大量试验。 [392] 在经历了一次次失败后，他们终于发现，往动物饲料中持续添加小剂量抗生素可以明显促进生长，这样动物就可以更快上市，肉也会更便宜——他们将其称为“喂养效率”。而且，越早添加这些“特殊”饲料，效果就越好。随着抗生素越来越廉价，这种方法对养殖业来说很合算。如果这在牛和猪身上取得了明显效果，那人又怎么会例外呢？
美国的农场再也不是我们印象中农场的模样。现代化的美式农场以庞大的集中饲养模式（concentrated animal feeding operation，CAFOs）而闻名，每个饲养中心可以容纳50万只鸡或猪，或者多达5万头牛。这些牛被快速喂养长大，从小牛犊到出栏只需大约14个月，出栏时平均重545千克。 [393] 工人很快就不再用干草和青草这些牛原本的食物来喂养牛犊，而改用大规模种植出来的玉米并添加低剂量抗生素来饲养，让它们习惯以玉米为食。这些有政府补贴的玉米价格便宜，来源充足，种植面积相当于整个英国，整个生长期间还喷洒大量杀虫剂。因为被人为改变饮食，畜栏过于拥挤，空气不流通，这些牛很容易爆发大规模的感染，因此抗生素又派上了用场，这实在是很讽刺。
只有少数几种抗生素禁止用于大规模的工业化养殖业中。面对利润颇丰的市场，美国农业部无意对其施加严格的监管。1998年，在意识到抗生素可能进入人类食物链并导致耐药性产生后，更有环保意识的欧盟禁止往饲料中添加对人类来说相当重要的几种抗生素。2006年他们全面禁止使用包括抗生素在内的任何以促进生长为目的的药物。
照此说来，欧盟市场上的肉应该是不含抗生素的。遗憾的是情况并非如此：正如荷兰的丑闻事件所反映的，非法添加抗生素的情况依然猖獗。 [394] 在牲畜出现感染的时候，欧盟的养殖户仍然可以合法使用抗生素，他们也常常这样做，并且使用剂量极高。尽管欧盟试图规范药物的使用，但实际收效不大。如果牛群中有牛出现感染，给500头牛同时使用抗生素比隔离观察一头牛更经济。食物链及周围环境中存在的大量抗生素使细菌的耐药性增加，人们不得不将更强效的抗生素用在动物身上，随后也同样用于人。
而欧盟之外的养殖户连如此松散的规定都无法遵守。欧盟每年从其他国家进口大量肉类，消费者无从得知加工食品中肉的来源，也无法确认它是不是来源于包装上所标识的产地，就像欧盟的马肉千层面丑闻所揭露的一样。
我们食用的鱼有1/3是集中养殖的，无论是来自挪威还是智利的三文鱼；还有泰国或越南的大虎虾，养在被砍伐的红树林的沼泽中，数以十亿计。鱼类养殖所使用的抗生素不断增多，而主要的供应商无法置于欧盟或美国的监管之下。鱼类养殖的条件越糟糕，投放的抗生素就越多。据估计有75%的抗生素透过养殖鱼类的网箱进入水体，从而对原生鱼类例如鳕鱼产生影响，并通过这种方式进入食物链当中。 [395]
能否避免使用抗生素？
假如你爱吃肉或鱼，当你对着牛排、猪肉或三文鱼大快朵颐的时候，你很可能同时吃下了抗生素。尽管往饲料中添加抗生素是违法的，但许多国家市售牛奶中都可以检测出微量抗生素。就算你是一个严格的纯素食者，也不怎么用抗生素，你也并不安全。畜类用含抗生素的饲料喂养，而它们的粪便又用作肥料，浇灌植物和蔬菜，而这些菜最终端上了你的餐桌。这种情况在美国最普遍，但其他国家也同样存在。从水槽和马桶冲下的几百万吨抗生素及动物的排泄物也污染了我们的饮用水供应，使如今的引用水中含有大量具有耐药性的细菌。
供水公司对此没有声张，他们无法监控水中的抗生素含量或细菌数量，也无法通过过滤加以清除。在欧美的自来水厂和农村的水库中都检出了大量的抗生素。 [396] 对世界范围内的河流、湖泊和水库展开的相似调查得到了相似的发现。 [397] 水中抗生素的浓度越高，种类越多，耐药基因也越多。 [398] 不管你居于何处，以什么为食，都从水中持续不断地摄入了一剂剂的抗生素。就连瓶装矿泉水可能也无法幸免，人们从不同品牌矿泉水中都检出了曾暴露于抗生素的作用下从而产生了耐药性的细菌。 [399]
商业化的农业部门和政府的食品与农业部门声称进入食物链中的小剂量抗生素对人完全无害。可是万一这些“没有任何利益冲突”、只关心人们健康的庄严机构是错的呢？小剂量的抗生素会不会对人有害？马蒂·布莱泽再次站了出来，决定用实验来验证。他的团队发现幼年时使用过或终身持续使用抗生素的小鼠，哪怕远低于治疗剂量，体重和体脂都是正常小鼠的2倍，脂类代谢也出现异常， [400] 肠道微生物组成明显改变，拟杆菌和普雷沃氏菌的种类明显增多，双歧杆菌明显减少。
停止使用抗生素后，这些小鼠的微生物组成渐渐恢复到与未使用抗生素的小鼠相似，但多样性仍然稍差。随后，即使用同样的饮食喂养，曾经使用过抗生素的小鼠一直都会更胖。抗生素与高脂饮食结合后产生的影响，往往比与正常的小鼠饮食结合更惊人。布莱泽的团队还发现，使用抗生素治疗的小鼠，免疫系统受到了严重破坏。微生物组成的改变扰乱了正常的信号传导通路，而负责调控肠壁免疫细胞并维持其健康的基因，其表达也受到了抑制。
为了证实体重变化是肠道细菌组成改变引起的，而不是抗生素的直接毒性作用，研究团队将接受过抗生素治疗的小鼠的肠道细菌转染到无菌小鼠体内。这些小鼠的体重同样明显增加，这有力地证明了是微生物种类的减少而不是抗生素本身造成了体重的增加。喂以高剂量和低剂量抗生素的小鼠体内，与肥胖相关的肠道激素，例如瘦素（leptin）和一种引发饥饿感的激素PYY，水平都明显升高：在接收到来自脑的信号后肠道会释放PYY，它缩短食物排空的时间并增加从食物中摄取的热量。从中我们可以看出，大肠和中枢系统的相互作用是多么重要，这种相互作用每时每刻都在进行。
现代婴儿接触了大量抗生素，不论是剖腹产之前的抗感染治疗，还是因轻微感染短期使用抗生素，亦或是来自母乳中。另外还有被低剂量的抗生素污染的自来水和食物，其影响还不为人所知。抗生素可能是许多看似毫无关系并且突如其来的疾病的原因，比如最新的研究发现抗疟疾治疗增加了疟疾扩散和人们患病的风险，因为治疗使传播疾病的蚊子更容易摄取疟原虫的原质（plasmodia）。 [401] 抗生素可能就是造成当今植根于儿童期的肥胖流行的原因。肠道微生物种类的减少，人工、高糖、高脂饮食这些因素联合起来，创造出了一个利于肥胖发生的完美条件。
更可怕的是，随着我们越来越胖，并且把喜爱高脂饮食的微生物传给我们的下一代，人类陷入了一个恶性循环：我们的后代会使用更多的抗生素，肠道微生物也会更贫乏。这就是说肠道微生物种群减少的情况会一代代地越发严重。这也可以解释为什么我们观察到的这一影响和趋势在那些肥胖母亲所生的孩子身上被进一步放大，这些母亲本身的微生物种群就有缺陷。
考虑到人们无法避免和抗生素接触，有没有办法来改善这种局面呢？彻底转变成一个不用药并且倡导有机生活的现代素食主义者或许对你自己、家人及你的肠道微生物有帮助，不过更有效的还是为减少抗生素的使用而共同努力。
如果医生不再被迫开具抗生素，这将给孩子们带来极大的益处。紧急情况下肯定应该马上去看医生，不过一般的小病可以试着在家多观察一两天，让身体自己恢复。人都会生病，不吃药症状会持续时间稍长一点但也会好，如果我们都能接受这种观念，那肠道菌群就会少受些摧残。政府可以通过惩处使用抗生素最多的医生从而规范医生的行为。法国正是依靠上述办法，在2002年到2006年期间，成功扭转了抗生素滥用之势，法国儿童的抗生素使用率下降了36%。
必须要用抗生素时，应该用现代基因技术开发针对特定细菌的靶向药物，而不是像目前的药物一样不加选择地杀灭所有细菌。除了少吃肉，经济条件允许时吃有机食品，我们还要游说政府减少补贴依赖抗生素的工业化养殖。随着全球抗生素耐药性发生率的急剧增加，人类在面对严重感染时可能很快就无药可用，开发替代性药物是当务之急。其中一种是开发对人类无害但可以杀灭细菌的病毒。我们要增加对研发的投入，以找到快速确定并消灭致病菌的方法。
益生菌能否解决问题？
添加了嗜酸乳酸菌或双歧杆菌的酸奶会不会有帮助呢？就像前面讨论过的，越来越多的证据表明酸奶对老幼人群、身患重病的人很有益处。 [402] 对一般人来说，尽管酸奶肯定无害，但目前还没有确切的试验表明酸奶有健康功效。这可能是因为一开始每个人的肠道微生物组成就很不一样。如此说来，因为不知道肠道里有哪些细菌需要被取代，喝酸奶对你有没有好处完全是靠运气。
未来人们将有望生产出个性化的益生菌，不过这有赖于所有人接受定期的肠道微生物检查，这显然是可以实现的。 [403] 同时在使用抗生素期间食用富含益生元的食物（例如洋蓟、菊芋、韭葱和块根芹）也有一定道理，不过目前还缺乏证据支持。抗生素的使用及剖腹产与过敏症的发生率升高有关，而有些引起过敏的食物有促进微生物生长的作用，那我们有没有必要进一步限制饮食的种类，将这些食物排除在外呢？